內審從改善內部管理入手，通過對發現的問題采取相應的糾正和預防措施，促進質量改進；外部審核是通過對實驗室質量管理體系和技術能力的評價，為客戶認可或第三方認可/註冊提供依據。
審計小組的組成是不同的。以實驗室的名義組建內審小組，由實驗室最高管理者或質量主管負責聘請合格人員和相關人員實施；外部審核由客戶或第三方指定(實驗室認可的現場審核，由CNAL確認的合格人員實施)。
審計人員處理糾正措施的方式不同。內審員可以對糾正措施提出建議和咨詢，可以給出方向性的意見供參考。內部審計員需要跟蹤和核實完成情況。外部審核員不能對糾正措施提出建議，整改計劃及其實施應由審核組長批準並跟蹤。
內部審計是內部審計的簡稱。內部審計之父Sawyer將內部審計定義為對組織中的各種業務和控制進行獨立評估，以確定其是否遵循公認的政策和程序，是否符合法規和標準，是否有效和經濟地使用資源，以及是否實現組織目標。
外部審計是外部審計，包括國家審計和社會審計。外部審計師作為第三方認證機構，對申請認證的企業的管理體系進行審計。要成為外部審計師，妳必須先參加ISO9000外部審計師培訓課程，然後通過考試(70分及格)後才能獲得培訓證書。
註冊審計師，要申報，有壹定的學歷和相關工作要求。外部審計要求被審計單位或審計人員與被審計單位無利益關系，公正合理。外部審核通常指質量管理體系、食品安全管理體系和環境管理體系管理中的第三方審核。