購買免稅商品已取得增值稅抵扣憑證(從國有糧食企業購買免稅糧食除外)，其進項稅額不允許抵扣。因此，出口企業(包括生產企業和外貿企業)取得的代理海運費發票不能抵扣進項稅額。
根據《增值稅暫行條例》及其實施細則的有關規定，增值稅的適用地域範圍是在中華人民共和國境內。鑒於進口貨物企業已取得運輸發票，運輸服務運輸至境外，不屬於在境內提供應稅服務。因此，在國外取得的運輸發票不能從增值稅進項中抵扣。
2004年9月1日之前，外貿出口企業取得的代理海運費不得抵扣進項稅額。文件依據:《中華人民共和國國家稅務總局關於出口貨物國內運費抵扣問題的批復》(國[1997]第441號):外貿企業對其出口貨物實行出口退稅管理辦法，是增值稅免稅的壹種方式，屬於增值稅免稅貨物。因此，其出口貨物發生的運輸費用不得在計算進項稅額時扣除。
貨物運輸屬於“營改增”範圍，壹般納稅人統壹使用貨物運輸服務專用發票。為沿海運輸(即我國沿海港口之間的海上運輸)提供海運費的，按照“營改增”政策，壹般納稅人可以開具貨運專用發票。如果付款人滿足其他條件，可以抵扣海運費進項稅。
如果海運費是國際運費產生的，可以開具運費專用發票嗎？對此，按照《增值稅暫行條例》第二十壹條第二款的規定，銷售貨物或者應稅勞務免稅，不得開具增值稅專用發票。此外，從國家稅務總局關於《營業稅改征增值稅試點地區增值稅零稅率應稅服務免、退、補管理辦法(暫行)》的公告中可以推斷，國際貨運應使用普通發票而非貨運專用發票，受票人不能抵扣海運費進項稅。
同時，《中華人民共和國國家稅務總局關於修改〈增值稅專用發票使用規定〉的通知》(國稅發〔2006〕156號)規定，銷售免稅商品不得開具專用發票，中華人民共和國法律、法規和國家稅務總局另有規定的除外。雖然國際運輸在這裏是“服務”，不同於貨物，但增值稅的原理應該是壹樣的。
綜上，國際貨物運輸產生的海運費不能抵扣增值稅進項稅額；同時認為，由於中海公司對外提供國際運輸服務，稅率為零，應使用普通發票，而不是增值稅專用發票。