為加快湄洲灣北岸的開發建設，市委、市政府調整了北岸開發區的管轄區域，於2007年4月29日重新掛牌。主要任務是以馬祖城市的發展帶動濱海新城的建設，以臨港產業的發展帶動港口城市的崛起。
2010年，北安開發區被福建省委、省政府列為福建十大經濟新增長區域之壹。開發區總用地面積1.370平方公裏(其中藍土地面積1.250平方公裏)，轄山亭、東浦、中門3個鎮，38個村(居)，戶籍人口1.5萬。
湄洲灣北岸經濟開發區具有媽祖文化和湄洲灣天然深水港優勢，主要任務是服務媽祖城市和臨港產業建設。隨著媽祖城建設推進濱海新城建設，規劃建設中的莆田市媽祖城南與國家旅遊度假區湄洲島隔海相望，西與吳棟港區毗鄰。它依山面海，與梅州媽祖廟的光環遙相呼應，凝聚了湄洲島國家旅遊度假區和莆田濱海新城的知名度，匯聚了周邊大型臨港產業和重大市政基礎設施的財富。媽祖城市的發展分短期、中期和長期三個階段推進。近期(核心區)5.68平方公裏，中期16平方公裏，遠期60平方公裏。核心區的功能定位集休閑、娛樂、購物、餐飲、金融、會展、文化、教育、船(漁)港行政為壹體，分為旅遊區、休閑度假區、生態居住區、行政辦公區、教育服務區五大功能區。市委市政府決定，三年內基本完成海堤護岸、道路橋梁、填海造地等市政基礎設施建設，五年內濱海新城初具規模。建成後，馬祖市將成為花園城市、現代城市、旅遊城市、文化城市和水城。它將成為海峽西岸的珍珠聖地和東方的威尼斯。