首先，準備好所需的材料
1.有效身份證件:包括身份證和護照等。，應在有效期內。
2.往來港澳通行證原件:已經辦理往來港澳通行證的，需要攜帶原件申請簽註。
3.簽註申請表:可在官網、南京市出入境管理部門下載，也可現場領取，必須按要求填寫。
4.近照:按照出入境管理部門規定的尺寸和要求準備照片。
二、辦理流程
1.填寫申請表:按要求填寫完整的簽註申請表，確保信息準確無誤。
2.提交材料:將準備好的材料提交到南京市出入境管理部門，工作人員進行初審。
3.費用支付:根據簽註種類和有效期的不同，支付相應的費用。
4.等待審核:提交材料後，需要等待出入境管理部門對申請進行審核，審核通過後會通知您領取簽註。
5.領取簽註:按照通知的時間、地點前往領取已填好的港澳簽註。
搬運過程中請耐心聽從工作人員的指揮。如有特殊情況或疑問，可及時咨詢出入境管理部門工作人員。
總而言之:
在南京辦理港澳簽註，需要準備有效身份證件、港澳通行證原件，填寫完整的符合要求的簽註申請表和近期照片，按照規定程序辦理。提交申請後需要等待出入境管理部門的審批，審批通過後才能拿到簽註。
法律依據:
中華人民共和國出境入境管理法
第9條規定:
中國公民出境、入境，應當申請護照或者其他旅行證件。想去其他國家或地區的中國公民也需要獲得簽證或其他入境許可。
中華人民共和國與香港、澳門往來通行證及簽註管理辦法
第2條規定:
往來港澳通行證實行“全國通用辦”，即內地居民可在全國任壹出入境管理窗口辦理出入境證件，申請材料與其戶籍壹致。出入境證件“全國通用辦公室”實施後，可實現三個“通用辦公室”:可在全國範圍內辦理，即大陸居民可在全國任壹出入境管理窗口辦理出入境證件，申請材料與其戶籍壹致；大陸居民可以做到，即可以不受戶籍、居住地等條件限制，異地辦理出入境證件；可以辦理出境證、往來港澳通行證、往來臺灣通行證。