宋徽宗大關年間(1107—1165438)，彜族人為母親祝壽，兩次捐資在龍華寺前修建兩座石塔，以示對母親的孝敬。南宋高宗第三年(65438年)，雙塔被稱為龍華雙塔。雄偉的氣勢，精巧的結構，在古代建築史上堪稱驚人。
南宋紹興二十九年(1159)，寺廟被盜三次，幾乎成為壹片廢墟。作家袁林帶頭集資修建祠堂、圖書館館、講堂、僧堂、藏、羅漢堂、東藏、龍華寺。
龍華寺興盛於宋代，興盛於元代。當時龍華寺有近500名僧人，占仙遊縣僧尼人數的壹半。元朝元稹年間(1295-1296)，成宗皇帝鐵木爾兩次召龍華寺方丈來京傳教。在沒有大師幫助的情況下，成宗皇帝下令龍華寺統轄西邊和南邊的所有寺廟。至此，龍華寺掌管仙遊八十三座寺廟，匯成壹片大叢林，香火日益濃厚，聲名日盛。
明朝嘉靖四十五年(1566)，日冠入侵興化，寺內僧尼逃亡，龍華寺遭到毀滅性破壞。敵人專門準備了鋤頭、耙子、錘子、斧子等工具，用來砸雙塔。費了九牛二虎之力，才把龍華雙塔砸碎，卻弄不下來，無奈撤退。當時明朝朝廷下令拆除寺廟，變賣數萬銅器物資充實國庫。萬歷年間(1573-1588)，仙遊縣令周多敦請和尚路征主持重建龍華寺。由於工程浩大，很難復興舊的觀念，只修建了山門、佛寺和伽藍寺。自此，龍華寺經歷了數百年歷史的風風雨雨。現在有民間好心人打算復興舊觀念。