沈醉經過調查，弄清楚了事情的來龍去脈，照顧到了家庭關系，向戴笠建議將余樂醒革職。此時的戴笠，已經不是那個虛心向余樂醒求教的戴笠了。他對在幾次訓練中建立起來的威信極為忌憚，生怕於會形成壹個危及他在軍隊系統地位的派系，所以幾年來壹直無所事事，不予重用。這壹次，我抓住了他的“腐敗”，想借機徹底推翻他，於是下令把余樂醒關進重慶的軍事監獄。余樂醒入獄後不久心臟病復發，沈醉不得不向戴笠求情。戴笠也考慮到余樂醒死在獄中會引起部下不滿，於是同意將余樂醒轉移到軍統局醫院，這是由監禁改為軟禁。這壹等就是幾年。直到1946戴笠撞車身亡，余樂醒才重獲自由，並通過關系得到了上海市公路汽車管理處處長的職位，名義上與特勤脫離關系。
在十幾年的間諜生涯中，余樂醒盡了最大努力，但最終還是鋃鐺入獄，這確實讓他對國民黨非常不滿。於是，在解放戰爭中，他和中國的地下黨組織建立了聯系，並在自己家裏蓋了壹個地下黨組織的電臺。
從戴笠時代開始，軍事間諜就是終身職業，後來的毛仁鳳特勤也還是沿襲了這個傳統。因此，盡管余樂醒名義上不再是間諜，但國家保密局並沒有把他當成外人。他是上海國家保密局各種高層會議的重要參與者。身份的這壹重要保護，為他配合中國地下黨組織的活動提供了極大的便利，多年的間諜工作經歷也使他異常謹慎。
盡管余樂醒處處小心翼翼，但毛仁鳳還是知道他的活動。當然，毛仁鳳不能容忍這樣的“背叛”，於是他派上海市公安局局長毛森去逮捕余樂醒，但毛森手下余樂醒的壹個學生事先走漏了消息。當毛森帶著人來到豫園路的余樂醒公寓時，那裏已經空無壹人。事實上，毛森也是余樂醒早期在杭特訓班的學生，但毛森在執行“團”的紀律上卻毫不含糊。毛森沒有抓到余樂醒，以為他可能暫時出去了，即安排手下在玉齋周圍監視，可是左等右等，他都沒有回來，於是再次沖進玉齋，卻發現原來室內的行李和書籍都不見了，再仔細搜查，才發現院墻上有壹扇暗門，上面爬滿了藤蔓。後來，特務們用這件事來嘲笑毛森，說他是壹只從貓那裏學來的老虎，他沒有學會最後壹招。
毛仁鳳雖然沒能抓到余樂醒，但對余樂醒留在上海始終放心不下，於是專門跟國家保密局上海站站長王方南說，“余樂醒是個有本事的人，希望能把他弄到臺省，不要讓他留在上海被* * *產黨利用”。但是當時上海已經接近解放，國家保密局的特工們已經沒有精力再去找他了。余樂醒在上海安全地迎來了解放。
上海解放後，駐上海的聯絡部部長陳希望通過的關系策動沈醉起義，因為沈醉此時還擔任保密局雲南站站長，是西南特務組織的重要負責人。於是，余樂醒給沈醉寫了壹封信，壹位在臨澧訓練班受訓的同誌帶著這封信到了昆明。沒想到，當時雲南正在蔣介石的命令下進行搜捕。在這種情況下，帶信的同誌無法去見沈醉，回到了上海。余樂醒對沈醉沒能借此機會走向光明感到惱火，哀嘆道:“是我把他引錯了路，是我毀了他。”
後來，余樂醒被派到壹家機械廠當工程師。抗美援朝期間，他負責的產品偷工減料，所以在“三反五反”運動中，他因為時局問題和歷史問題被捕入獄。不久，他在獄中病逝，結束了他曲折復雜的壹生。