紅與黑系列結束後，美國聯邦調查局從回歸黑暗組織的水無憐奈那裏得到消息，該組織出現了壹個代號為波旁的新成員，據說各方面能力都很強，針對的是海原Ai。與此同時，原本留在柯南同學杉浦的大學生沖矢昴，因為房子被燒毀，現在已經搬進了新壹的家，但蕭艾從沖矢昴身上感受到了組織的氣息，看起來非常害怕。
壹封信被告知新年的推理有誤，柯南、小蘭、平吉等人請求再次前往大井村解決真相。在調查過程中，柯南掉進河裏失蹤了，但蘭等人後來在河邊找到了壹個失去記憶的新！
松本清長找到了20年前在他臉上留下傷疤的吹口哨的兇手。高木警官深入虎穴，被犯人綁架。他身負重傷，卻贏得了佐藤的美貌，佐藤獻上了壹個吻。兩人正式開始交往。
在去銀行取錢的路上，朱迪遇到了壹名疑似赤井秀壹的男子，但這名男子戴著壹頂黑色的帽子，臉上有燒傷的疤痕。在接觸的過程中，他發現自己不會說話，失憶了。他好像不認識朱迪，但是銀行被搶了。最後這個人槍殺了柯南，卻神秘失蹤了。
警官白鳥以為他在佐藤之戰中失敗了，但事實上，白鳥誤以為佐藤是他的初戀。經過電影和櫻花兩個案例，白鳥終於確定自己的初戀是柯南的班主任小林先生，他和佐藤很像。
小五郎因為案件的召喚，帶著小蘭、柯南等人來到了米花百貨。此時，尋找刀疤的朱迪和凱梅爾也在這裏，並找到了刀疤的下落，但與此同時，杜松子酒和伏特加在獲得“布蘭奇伊沒死”的信息後潛伏在米花百貨，準備被刀疤殺死。沖矢昴也出現在人群中。。。。。