為完善統壹的城鄉居民基本醫療保險制度和大病保險制度，不斷提高醫療保障水平，確保醫保基金合理使用、安全可控，整體推進醫療、醫保、醫藥聯動改革。為更好地保障病有所醫，國務院機構改革方案提出，將整合人力資源和社會保障部城鎮職工和城鎮居民基本醫療保險、生育保險職責和國家衛生計生委新型農村合作醫療職責。
制定定點醫療機構協議和支付管理辦法並組織實施，建立健全醫療保險信用評價體系和信息披露制度，監督管理醫療服務行為和納入醫療保險的醫療費用，依法查處醫療保險領域違法違規行為。負責醫療保障管理、公共服務體系和信息化建設，組織制定和完善異地就醫管理和費用結算政策。建立健全醫療保障關系轉移接續制度，開展醫療保障領域的國際合作與交流。
內部機制
1，辦公室
負責機關日常運行，承擔安全、保密、信訪、政務公開和國際合作交流等工作。
2.規劃、財政和法規司
組織制定醫療保障工作計劃，承擔機關及直屬單位預決算、財務、資產管理和內部審計等工作，推進醫療保障信息化建設。組織起草法律法規、規章和標準草案，承擔規範性文件的合法性審查，承擔行政復議、行政訴訟等工作。
3.治療保護部
制定醫療保障籌資和待遇政策，統籌城鄉醫療保障待遇標準。統籌推進多層次醫療保障體系建設，建立健全醫療保障關系轉移接續制度，組織制定和實施長期護理保險制度改革方案。
4.醫療服務管理系
制定醫療保險目錄和支付標準，建立動態調整機制，制定醫療保險目錄準入談判規則並組織實施。制定定點醫療機構醫療保險協議和支付管理、異地就醫管理辦法和結算政策，組織醫療保險支付方式改革，組織藥品、醫用耗材和醫療技術的經濟評價。