南京祿口國際機場自1997年7月1開航以來，始終圍繞“安全第壹、文明第壹、效益第壹”的工作方針。自2003年以來，航空業務持續高速增長，年旅客吞吐量增長超過1萬人次，2008年旅客吞吐量達到888萬人次。截至2008年底，祿口機場通航國家和地區10個，其中國內城市45個，國際城市12個(含港澳臺)，每周國內航班114個，國際航班126個(含港澳臺)。祿口機場目前有東航江蘇分公司、中郵航空、深航江蘇分公司三家基地航空公司。祿口機場有國航、南航、新航等26家航空公司運營定期航班。
祿口國際機場以“安全第壹”為指導思想，以顧客滿意為服務工作的導向，不斷提高安全保障水平和服務質量，為旅客和航空公司提供優質服務。推出了壹批“安全機場，溫馨體驗”的優質服務項目，重點是不正常航班服務，全面推行服務承諾制。1997祿口機場榮獲全國民航空防安保先進單位；1997、1998分別被評為江蘇省、南京市文明單位；2000年獲得華東地區文明機場；2001被華東管理局授予航空安全評估資質，2001被授予“用戶滿意機場”稱號。2002年，機場公司榮獲“全國用戶滿意企業”獎；2003年，機場公司通過ISO9001:2000: 2000國際質量認證，再次榮獲江蘇省和南京市“文明單位”稱號。2004年，機場公司榮獲全國“藍天振興活動”獎，入選江蘇省服務質量優秀管理企業，榮獲江蘇省“全國用戶滿意丁”、“全國用戶滿意企業”、“守合同重信用企業”等榮譽。2005年，機場公司獲得“國際衛生機場”稱號，隨後獲得“江蘇省服務質量獎”、“江蘇省文明單位”等獎項，並在“2005年民航為旅客”活動中獲得“顧客滿意質量獎”。2006年，機場公司榮獲客談民航機場集團頒發的“顧客滿意獎”、“全國顧客滿意企業”、“江蘇省服務質量管理優秀企業”。2007年，祿口機場榮獲全國文明機場、全國最佳服務質量機場、全國最佳餐飲服務機場、全國最佳購物服務機場稱號，榮獲“全國廠務公開民主管理先進單位”稱號。2008年，機場公司榮獲“抗震救災重建工作者先鋒號”、“全國民航抗震救災先進集體”、全國精神文明建設先進單位、全國民航文明單位、全國安康杯競賽冠軍等榮譽稱號。
2008年6月+10月，國家民航局和江蘇省政府聯合批準了祿口機場總體規劃。獲批的機場總體規劃目標為2040年，旅客吞吐量7000萬人次，貨郵吞吐量160噸，總控制用地面積28.7平方公裏。將修建四條平行跑道。擬將祿口機場戰略定位調整為“中國大型樞紐機場、航空貨運和快遞中心”，同步建設機場地面集疏運系統，特別是機場至南京南站的軌道交通，確保航空客貨快速集散，使機場真正成為區域性交通樞紐。充分發揮航空運輸優勢，促進機場周邊產業發展，加快“航空城”規劃建設，促進機場和城市的繁榮發展。