北京婦幼保健院成立於2002年6月。北京婦女保健中心、北京兒童保健中心、北京計劃生育技術研究指導所、北京婦產醫院合並為首都乃至全國最大的現代化婦幼保健機構，位於東校區。對全市18個區縣的婦幼保健、計劃生育技術服務和質量控制進行全方位管理，下轄全市18個區縣的400個計劃生育機構、300個設有產科的醫院和900個幼兒園，為全市和全國的婦女兒童提供優質的醫療保健服務。成為培養和輸送婦幼保健專業人才基地。
圍產醫學科、婦科微創中心、生殖醫學中心、生殖調節科、腫瘤科是醫院的重點科室，第壹例試管嬰兒在北京市立醫院誕生。圍產期保健實行系統化、規範化服務，在高危孕婦、胎兒和新生兒的監測診斷、妊娠高血壓綜合征、妊娠期糖尿病、新生兒缺氧缺血性腦病的防治、導樂分娩、產時鎮痛、母乳餵養、新生兒撫觸、新生兒遊泳、新生兒聽力篩查等方面居國內領先水平。多項研究成果獲得國家級、部級、局級獎勵。內鏡和介入技術廣泛應用於婦科常見病、多發病的診斷和治療，以及兒童婦科疾病和女性生殖器畸形的矯治，達到國內先進水平。完備的節育方法，診治不孕癥、宮外孕等疑難病癥，以及輸卵管吻合術、整形外科技術享譽全國。開展婦女更年期相關疾病的診斷、治療和研究。在國內率先開展亞健康保健、新生兒相關疾病篩查、女性尿失禁治療。腫瘤科采用手術、化療、放療治療婦科惡性腫瘤，同時開展乳腺疾病的診治。醫院獲得國家、部級、市級科研成果獎100多項，連續多年被評為首都文明單位。
北京婦產醫院和北京婦幼保健院由壹個領導小組管理。在醫院黨委書記李和院長周的領導下，全院職工以“醫院管理年”為契機，全面貫徹落實衛生部和市衛生局的部署和要求，堅持以病人為中心，全面提升醫療服務質量的宗旨和理念，朝著“構建和諧醫患關系， 按照醫院發展戰略“依法執業、熱情服務、嚴格控制費用、持續改進”，實現國內壹流、國際知名的現代化。