參謀子系統由掌握各種知識的專家學者組成，也是決策子系統的輔助機構。參謀子系統集中參謀顧問的集體智慧，運用現代決策技術和方法，為決策子系統提供決策方案和其他咨詢服務，以保證公眾決策的科學性和民主性。工作人員子系統有四種組織形式:官方、半官方、非政府和跨國。無論哪種員工子系統，都具有集體性、科學性和相對獨立性的特點。集體性是由於社會問題復雜，不確定因素多，動態變化大，需要運用多學科的知識來解決問題，這是許多不同知識的專家組才能滿足的；科學性是指參謀顧問要運用先進的科技手段和科學的分析技術和方法為決策者提供服務，單純依靠經驗和策略不能適應社會發展的需要；相對獨立性是指參謀人員必須相對獨立地研究和分析問題，公正地提出自己的意見。對問題的分析和結論必須建立在客觀事實的基礎上，不能受決策者的影響。
行政決策系統及其運行中參謀子系統的功能或作用是:(1)協助決策子系統定義政策問題，確立政策目標。決策與預測密不可分。參謀人員通過調查研究，以及對未來發展趨勢的超前研究和預測，提供科學判斷，為決策者界定政策問題、確立政策目標提供參考。(2)為決策子系統提供解決方案、途徑和方法。在選擇最佳政策方案時，需要經過壹系列定性和定量的分析論證，為決策者提供壹個初步方案，還要提供系統和其他咨詢機構對該方案的評價意見，以便決策者集思廣益，從眾多方案中選擇壹個滿意的方案。(3)跟蹤和反饋公共政策的執行情況。收集和分析政策執行中的問題，特別是在政策執行過程中遇到障礙或偏離政策目標時，及時提出應急措施，以便決策者和執行者及時糾正，保證公共政策的順利實施。