協助政府主管部門制定水產品流通與加工發展規劃，協調行業發展，行使政府授權的相關行業管理職能；
對發展水產品加工流通和規範水產品管理的有關方針、政策、法規提出建議，配合政府部門制定產品標準，並進行監督、檢查和鑒定；
調查行業基本情況，對行業存在的問題進行專題研究，提出解決問題的對策和措施；
推動多種形式的聯合合作，暢通產品銷售渠道，協調成員生產經營、技術合作和競爭中出現的問題；
制定行業自律措施，營造良好的市場環境，保護公平競爭。
水產品的質量與安全
推動並參與水產品質量標準體系和食品安全體系的建立；
鼓勵會員企業實施國內外水產品質量安全認證；
開展新技術的引進和應用，開展專業技術培訓等服務。
實施品牌戰略
鼓勵會員企業創建自己的品牌；
推廣和宣傳名牌產品，提高國內外市場對名牌產品的認知度；
開展各種特色水產品促銷活動；
積極參與水產品質量安全追溯體系建設。
國際合作和市場開發
組織各種形式的貿易談判，開展各種促銷活動；
開展與國際行業組織和非政府組織的交流與合作，組織相關國際經濟貿易談判等交流活動；
組織企業參加國內外各類展會，幫助會員企業開拓市場；
建立水產品貿易預警機制，評估我國進口水產品造成產業損害的風險；
應對國外貿易壁壘，提供法律服務。
信息咨詢服務
收集、整理、分析國內外水產行業經濟技術信息，為會員企業提供信息咨詢服務；
通過《中國水產貿易》(期刊)向會員企業發布行業動態、水產品市場分析、水產品市場等信息；
通過中國協會官方網站及時發布水產行業信息。
協會還充分發揮自身優勢，幫助會員協調與有關方面的關系，解決生產和工作中的困難，提供法律援助，維護會員的合法權益。