第壹，政府部門的審計單位不同。
1，高新技術企業的申報由各省、自治州、市轄區、省轄市科技廳、財政局、稅務局協同評審。
2.軟件行業由軟件協會審查。
第二，發展方向不同
1.國家《高新技術企業評價管理條例》是為了幫助和鼓勵高新技術企業。關鍵是要統籌規劃，正確引導公司生產制造、科研和平時規章制度的標準化，構思相關發展戰略。
2.《軟件企業認證管理條例》是為貫徹落實國務院辦公廳鼓勵服務外包產業和集成電路芯片產業發展的若幹現有政策，進壹步促進地方服務外包產業和集成電路芯片產業發展，結合地方具體情況，制定相關現有政策的實施方案。
第三，享受的所得稅優惠不同。
1.高新技術企業申報並在國稅局備案後，所得稅由原來的25%降為15%，公司每年在稅務局備案後才能享受這壹優惠政策。
2.軟件企業認定，經向稅務局備案，從獲利年度起，第壹年和第二年免征所得稅，第三年至第五年逐步征收所得稅。享受五年優惠後，不再享受全部所得稅優惠政策(含高新技術企業優惠政策)，所得稅按25%征收。
第四，有效期和年檢要求不同。
1，高新技術企業資格期限為三年，三年後進行復審和復評。被評定的高新技術企業應按有關要求每年報統計和科委備案，此外還應在地區稅務局辦理所得稅優惠備案。
2、軟件行業開展年審，根據軟件行業管理規定要求的指標值和材料，制作相關材料，並於每年6月前申請軟件企業年審。