1，決策權不同；
助理只有決策的知情權，秘書可以輔助決策，在決策過程中，可以從知識(包括理論)、能力(包括技術)、經驗、精力等方面對決策者進行綜合補償，提高決策的科學性和及時性。
2.知識水平不同；
助理壹般比秘書見識少，主要負責壹些瑣碎的工作，如收集、整理、匯總、傳遞、匯報日常報表等；而秘書則標準更高，要求專業化、社會化。
3.潛在的差異；
助理只對公司內部信息、資料、文件、人員、檔案、會議內容、電腦信息、財務等保密。，而秘書工作的潛力則表現在三個方面:借活動之名；活動過程的後臺性質；勞動成果的潛力。
擴展數據:
助理的主要工作:
1.文件、檔案和資料的整理、分類、歸檔和記錄。
2、電話記錄、打印文件、復印資料。
3、日常報表的收集、整理、匯總、傳遞、上報。
4.如有緊急情況，緊急聯系相關負責人協助解決。
5.收發郵件和信件並及時交給相關人員。
6、情況發布，情況上傳。
7.保密工作(包括:內部信息、資料、文件、人員、檔案、會議內容、計算機信息、財務等。).
8.處理各部門人員的報銷，審核，總結，移交工作。
9、協調各部門的人事關系，使工作能夠順利高效的完成。
10.完成上級領導交辦的臨時工作。
11.保持工作環境整潔。
12，負責新員工資料歸檔及相關知識技能培訓。
秘書的職責:
1，日常事務管理(辦公室管理、通訊管理、值班事務、日程管理、印章管理)。
2.接待服務(來訪接待、安排服務等。).
3.會議事務(會議安排、會場布置、會議服務、會議文件處理等。).
4.行政事務。
5、信訪(群眾來信來訪或客戶投訴處理等。).
6、調查研究事務(收集信息，提供可行方案供領導選擇)。
7.文件歸檔事務(文件撰寫、制作、處理和文件管理)。
8.寫作事務(各種文體寫作)。
9.協調工作(政策、工作、區域、部門、人際關系等。).
10，督導工作(督促檢查領導交辦工作的落實情況)。
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