該中心主要開展疾病預防控制、突發公共衛生事件應急處理、環境與職業衛生、營養衛生、老齡衛生、婦幼衛生、放射衛生、學校衛生等工作；組織制定國家公共衛生技術方案和指南，承擔公共衛生相關衛生標準的綜合管理；開展傳染病、慢性病、職業病、地方病、突發公共衛生事件和疑似預防接種異常反應以及國民健康狀況的監測與評價。
參與國家公共衛生應急準備和響應，組織制定食品安全事故流行病學調查和衛生處理的相關技術規範；開展疾病預防控制、突發公共衛生事件應急處置、公共衛生重點科學研究和技術開發；開展公共衛生領域的研究生教育、繼續教育和相關專業技術培訓。
代表團
其任務是通過預防和控制疾病、殘疾和傷害，創造健康的環境，維護社會穩定，保障國家安全，促進人民健康；其宗旨是以科研為依托，以人才為基礎，以疾病控制為中心。在衛生部的領導下，充分發揮技術管理和技術服務職能，圍繞國家疾病預防控制的重點任務，加強疾病預防控制策略和措施的研究，做好各項疾病預防控制工作預案的組織實施。
開展食品安全、職業安全、健康相關產品安全、放射衛生、環境衛生、婦幼保健等各項公共衛生業務管理工作，大力開展應用科學研究，加強國家疾病預防控制和公共衛生服務的技術指導、培訓和質量控制，發揮國家隊在疾病預防、應急響應、公共衛生信息能力建設等方面的作用。