組織協調本機關的日常工作；制定工作制度和工作計劃，並監督實施；負責文電、會議、檔案、機要、保密、安全、應急管理、政務公開、新聞發布、信息公開、信訪、督查督辦、提案議案辦理、對外聯絡和接待等工作；負責綜合性稿件的起草；負責機關信息化建設。
(2)人事部門
負責局機關及所屬單位的組織人事、機構編制、教育培訓工作；負責局機關及下屬單位的思想政治工作和隊伍建設；負責局機關退休人員的管理和服務工作，指導下屬單位退休人員的管理和服務工作；負責水利體制改革的相關工作。
(3)財務部
負責水利資金、基本建設資金和專項資金的使用、管理和監督；負責研究提出水價的意見和建議；負責財務和國有資產管理，指導下屬單位的財務和國有資產管理；負責內部審計和監督。
(4)計劃部
制定全市水利發展的長遠規劃、綜合規劃和重點專項規劃並組織實施；指導全市水利行業建設；審查重點水利建設項目的建議書、可行性研究報告和初步設計；編制和下達年度水利建設投資計劃並監督執行；負責協調工程建設過程中的重大設計變更；承擔全市水利建設項目評估和水利綜合統計工作。
(5)水政策法規司(掛行政審批辦公室牌子)
起草有關地方性法規草案；制定相關政策；指導水利普及的宣傳工作；指導水政監察隊伍建設、水行政執法和水利行政事業性收費征收管理；查處重大涉水違法行為，協調處理地區、市之間的重要水事糾紛；承辦相關的行政訴訟、行政復議和行政賠償；統壹承辦本部門行政許可和非行政許可審批事項的辦理。
(六)科教與工程管理處(掛水利安全監督辦公室牌子)
負責水利科學研究、技術推廣和對外經濟技術交流與合作；監督行業技術標準和法規的實施；指導全市農村水利工作；組織和指導全市農田水利基本建設和農村水利社會化服務體系建設；指導水利行業供水和農村水電資源開發；組織和指導鄉鎮供水和節水灌溉工程的建設和管理；承擔水利扶貧工作；負責和指導水利設施、水域及其岸線的管理和保護；指導河流、水庫、河口、灘塗和海堤的管理和開發；負責水庫大壩和河道堤防的安全監督管理；審查轄區內水利工程建設方案；負責河道采砂管理；負責直屬水庫、河道和輸配水工程的管理；負責和指導城鄉飲用水安全工作；組織編制全市和跨區域供水規劃和年度計劃並監督實施；制定並實施相關供水標準；承擔供水能力擴大的論證；負責水質、水量和供水服務的監督管理。
按規定設立機關黨委。