辦公室主要負責行政事務、人事檔案管理、黨務、群團工作、老幹部工作、財務計劃與管理、基本建設項目計劃與管理、工資與國有資產管理、統計工作；協調各部門、辦公室和領域的工作，並監督相關工作。
科研管理處主要負責科研計劃與實施、儀器設備登記管理、科普、科技信息與網絡、科技出版物、科研成果與知識產權管理、國內外科技交流與合作，組織制定漁業規劃行業標準；承擔農業部“水產行業職業技能鑒定站”的職責。
漁業資源加工研究室主要負責海洋和淡水漁業資源調查評價、漁業資源增殖、人工魚礁、海洋捕撈和遠洋捕撈、漁具漁法、助航設備和通訊設備的研究和應用、水產品綜合加工和安全管理、水產品質量安全監測等工作。
海水養殖實驗室主要負責海水養殖新模式、新品種、新設施、新技術的研發，海水養殖環境容量、水生動物營養和飼料的研究，海水養殖病害的監測和防治。
淡水養殖研究室主要負責淡水養殖新模式、新品種、新設施、新技術的研發，淡水養殖環境容量的研究，淡水養殖病害的監測與防治。
海洋水產養殖場主要承擔“南美白對蝦國家遺傳育種中心”、“國家海洋養殖場”、“國家對蝦養殖星火產業帶”、“水產科技服務站110”等功能。引進水產良種，研究開發育種技術，協助制定省級水產種苗管理條例、相關品種種質標準，轉化科研成果，示範技術。為本所相關科研項目的實施提供條件。
熱帶海水養殖技術重點實驗室主要承擔農業部“海南省熱帶海水養殖技術重點實驗室”、“海南省熱帶海水養殖技術工程技術研究中心”、“漁業環境汙染事故調查站”等職能，如熱帶海水養殖技術基礎研究和應用研究、水產養殖病害檢測與防治、漁業環境監測與保護、水產生物制劑和疫苗開發等。為相關科研項目提供測試條件。