舊玉皇閣，正殿三層，兩側鐘鼓樓兩層。正殿高約13米。第壹層是三官殿，第二層是西王母殿，第三層是宣穹高的大佛殿。
清鹹豐七年(1857)正月十五，道士不小心燒香燒紙，三層樓殿被火燒毀，是大玉帝。
皇帝銅像的壹條腿也被火熔化了。後來當時的方丈張元熙外出化緣，集資修繕。修復工程基本保持了原建築的風格。與同時期的同類建築相比，修復後的玉皇閣在藝術造型上氣勢恢宏，美輪美奐。然而，時過境遷，很難完全恢復舊制度。
玉皇閣修復後，廟前立了碑。石碑高1.5米，頭上雕有兩條戲珠龍，中間雕有壹個南極仙女，兩側雕有八仙，碑上刻有“重修玉皇閣”字樣。碑文開篇寫道:“蓋古天下易，尤其舊，而創新難。要想創造壹個新的尚義，創新棄舊特別難，尤其是舊的創新讓舊的走。這個原因很正常。”背面題寫的立碑時間為:“清鹹豐年為耿，孟東嶽月為”。從碑文來看，後人很清楚，照原樣修復這壹重建並不容易，所以模仿而改。
修復後，黃愚館的布局和建築基本遵循明代的舊制度，主要建築呈之字形排列。中間是大殿，兩邊是鐘鼓。正殿外部仍為三層檐，內部結構改為兩層，並采用所謂“三明兩暗”的做法，省略了原有的兩層西天王母殿。第壹層仍是供奉天官、地官、水官的三官殿，也是古代堯、舜、禹皇帝的地方。老亭子的兩邊是四尊站立的神的雕像。東面是瘟神呂嶽，綠袍綠臉，手持短柄狼牙棒，第壹個是和尚文仲普，黃袍黃臉，持劍倚天。西站廳是趙公明黑虎靈官，褐袍褐臉，手持七把鋼鞭；下壹個頭領是的高徒，武吉將軍，白袍白臉，雙手白凈。寺廟高大寬敞，神像的樣子令人望而生畏，令人肅然起敬。三官殿兩側繪有壁畫。
三官殿東西兩側有木樓梯，沿著12的樓梯可以到達二樓的正殿。正殿供奉玉帝和佛祖，兩側立有托塔、李王和太白金星。正殿兩側是兩層鐘鼓樓。左鐘右鼓，鐘鼓齊全，掛在樓裏。