為了消滅環境中的病原體，切斷傳播途徑，必須徹底清洗圈舍、圍欄和飼養用具，防止動物屍體和汙物遺留在田間，並全面進行嚴格的消毒。
2.洪水過後，森林、土壤、沼澤中的細菌、病毒、真菌、寄生蟲等各種病原體被洪水沖走，吸血昆蟲的活動和濕熱的氣候容易造成動物疾病的發生和流行。洪水過後，動物容易發生中毒、腸胃病、各種動物傳染病、寄生蟲病。
其中，最主要的傳染病和寄生蟲病有牛羊炭疽病、牛布魯氏菌病、牛血吸蟲病、鉤端螺旋體病、豬丹毒、豬肺炎、鏈球菌病、雞法氏囊病、球蟲病等。
擴展數據:
洪災後的防疫手段:
1，管道水
也就是管好飲用水。災後首先要做好飲用水的消毒工作。用漂白粉(精)消毒池水和井水，消毒方法要正確，保證質量；集中式供水要適當消毒。喝開水，不喝生水；保護各種水源，避免糞便的二次汙染。
2、管糞
汛期要及時清理消毒廁所，在災民臨時安置點修建臨時廁所，糞便集中進行無害化處理。水退去後，要對損壞的糞坑、廁所進行修復，露天糞坑要加蓋棚子，防止糞液泄漏汙染水源。
靠近飲用水源的糞坑中的廁所應該重新安置。有條件的可以結合建築、修繕房屋，因地制宜新建糞便無害化設施，如三格式、三筒或沼氣化糞池等。腸道感染患者的排泄物應嚴格消毒。
3.管理妳的飲食
不吃發黴變質的食物，不吃淹死的牲畜肉，不吃生果蔬清洗消毒，生熟分開，不吃生水(海)品。食品經營單位要嚴格執行食品衛生法，衛生部門要加強檢查監督。
縣畜牧獸醫水產局(桃源縣人民政府)-洪災後的動物防疫措施
鳳凰網-洪水過後如何防疫？疾控中心專家這樣說。