南通職業學院是壹所以培養應用型人才為主的高等職業教育學校。設有計算機、管理、會計、機電、貿易、藝術等6大類18個專業，其中計算機設有軟件工程、計算機網絡、物聯網工程、計算機科學與技術、網絡工程等5個專業。管理學有工商管理、市場營銷、會計、電子商務、旅遊管理五個專業。會計專業有四個專業:金融學、審計學、財務管理、稅務管理。有機械設計、制造及其自動化、電子信息工程、機電壹體化及其自動化四個專業。貿易類有三個專業:國際經濟與貿易、物流管理、電子商務。美術有視覺傳達設計、動畫、環境設計、廣告設計四個專業。
南通職業學院開設了軟件工程、計算機網絡、物聯網工程、計算機科學與技術、網絡工程等5個計算機專業。軟件工程專業主要培養具有軟件工程的基本理論、基本知識和實踐技能，能夠從事軟件開發、軟件維護、軟件管理和軟件測試的高級應用型人才。計算機網絡專業主要培養具有計算機網絡基礎理論、基礎知識和實踐技能，能夠從事計算機網絡設計、安裝、管理和維護的高級應用型人才。物聯網工程專業主要培養具有物聯網基礎理論、基礎知識和實踐技能，能夠從事物聯網系統設計、開發、應用和管理工作的高級應用型人才。計算機科學與技術專業主要培養具有計算機基礎理論、基礎知識和實踐技能，能夠從事計算機系統設計、計算機系統應用和管理的高級應用型人才。網絡工程專業主要培養具有網絡工程基礎理論、基礎知識和實踐技能，能夠從事網絡設計、網絡維護和網絡管理的高級應用型人才。
此外，南通職業學院還設置了管理、會計、機電、貿易、藝術等多個專業，管理類專業主要培養具有管理學基礎理論、基礎知識和實踐技能，能夠從事企業管理、市場營銷、會計、電子商務、旅遊管理等工作的高級應用型人才。會計專業主要培養具有財務管理、審計、財稅管理的基本理論、基本知識和實踐技能，能夠從事財務管理、審計、財稅工作的高級應用型人才。機電類專業主要培養具有機械設計、制造及其自動化、電子信息工程、機電壹體化及其自動化等基礎理論、基礎知識和實踐技能，能夠從事機械設計、制造及其自動化、電子信息工程、機電壹體化及其自動化等專業的高級應用型人才。貿易類專業主要培養具有國際經濟與貿易、物流管理、電子商務等方面的基本理論、基本知識和實踐技能，能夠從事國際貿易、物流管理、電子商務等工作的高級應用型人才。藝術類專業主要培養具有視覺傳達設計、動畫、環境設計、廣告設計等基礎理論、基礎知識和實踐技能，能夠從事視覺傳達設計、動畫、環境設計、廣告設計等工作的高級應用型人才。
總之，南通職業學院設置了計算機、管理、會計、機電、貿易、藝術等六大類18個專業。這些專業主要以培養應用型人才為目標，能夠滿足不同學生的需求。
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