(2)流通行為不規範。在土地流轉過程中，雙方很少簽訂書面合同，大多實行口頭協議。沒有用人單位的同意和管理部門的公證，即使簽訂書面合同，其內容也是不完整、不規範的，雙方沒有明確的責權利關系，也沒有專人負責合同管理。壹些業主因不規範的合同和管理不善而拖欠債務，或未經有關部門批準改變其土地的農業性質。國家各項惠農政策實施後，土地不斷增值，部分農民通過不定期合同收回土地經營權。
(3)規模轉移難。具有壹定文化技能的農村勞動力已經外出打工經商，其余大部分勞動力仍然從事農業生產，依靠承包土地的收入維持基本生計。很多業主都想壹起租賃土地，但不同農戶利益不壹致，往往導致大規模土地流轉失敗，影響農業項目的實施。大部分土地未進行農業綜合開發，地塊小且不平整，水、電、路建設滯後，不適合連作和機械化耕作，無法實現旱澇保收；農田水利基礎設施差，規模經營成本增加，向金融機構申請貸款量增加，規模流轉難度加大。
(四)保障機制不完善。社會保障體系不完善，未能覆蓋所有農村地區，未能為已流轉土地的農民提供充分的社會保障。農民對土地流轉更為謹慎，出於預期增值和穩定經濟收益的心理保證，不願意放棄土地承包經營權。其次，農民的利益無法得到充分保障。少數地方把土地流轉作為增加農村集體收入和幹部福利的手段，用行政手段幹預農民土地流轉，大量租賃土地進行規模開發，往往壓低流轉價格，使農民得到最低補償。由於投資失敗和市場變化，所有者不能及時兌現農民的租金，農民的流通收入面臨風險。第三，流通收入缺乏增長機制。在流轉合同中，農民的土地流轉收益壹般是固定的，流轉期間租金不會調整，流轉收益也沒有隨著經濟發展而相應增加。