1，壹般納稅人銷售藥品，稅率為17%，可以抵扣進項稅；
2.小規模納稅人銷售藥品按3%的稅率征收增值稅，不得抵扣進項稅額。
納稅人銷售藥品必須按照其實際稅率17%或征收率3%開具增值稅發票(包括增值稅專用發票和增值稅普通發票)。增值稅專用發票和增值稅普通發票是壹樣的。增值稅專用發票壹式四份、七份(不含存根聯，壹式三份、六份)。第壹聯為存根聯(備查)，第二聯為發票聯(買方記賬用)，第三聯為抵扣聯(買方扣稅憑證用)，第四聯為記賬聯(賣方記賬用)，第七聯其他三聯為備份聯，分別作為企業退出卡。普通發票只有壹式三聯，第壹聯存根，第二聯發票，第三聯記賬。
開具發票的方法如下:
1，稅務代理。當壹些法人單位或個人沒有資格開具發票時，可以去稅務局開具發票，這就是稅務代理。主管稅務機關要求開具發票時就地納稅。如果無效發票的退款流程復雜且耗時較長，應仔細核對開票信息和客戶的開票要求。
2，自開票。企業註冊後可以辦理稅控和發票，有資格開具發票。之後，公司將配備電腦和針式打印機設備，然後就可以開始自己開發票了。壹般建議只要公司有業務收入，就要盡快申請開票資格，自己開發票。
《中華人民共和國增值稅暫行條例》第四條除本條例第十壹條規定外，納稅人銷售貨物、勞務、服務、無形資產和不動產(以下簡稱應稅銷售額)的應納稅額，為當期銷項稅額扣除當期進項稅額後的余額。應納稅額的計算公式為:應納稅額=當期銷項稅-當期進項稅。當當期銷項稅額小於當期進項稅額時，不足部分可結轉下期進壹步抵扣。
第十壹條小規模納稅人的應稅銷售行為，實行簡易方法根據銷售額和征收率計算應納稅額，不得抵扣進項稅額。應納稅額的計算公式為應納稅額=銷售額乘以征收率。小規模納稅人的標準由國務院財政、稅務主管部門規定。