1.性質不同，1。新疆兵團和新疆生產建設兵團是新疆維吾爾自治區的重要組成部分。他們承擔國家賦予的屯墾戍邊職責，實行黨政軍企合壹體制，依照國家和新疆維吾爾自治區的法律法規，管理本地區內部的行政和司法事務。在中央和新疆維吾爾自治區雙重領導下，國家計劃單列的特殊社會組織，是國務院計劃單列的省(部)級單位，享有省級行政區的權限。
2.新疆維吾爾自治區新疆，簡稱“新”，首府烏魯木齊，位於中國西北部，是中國五個少數民族自治區之壹。
二、行政類別不同，1，新疆兵團，行政類別:屬於省(部)級單位。
2.新疆，行政類別:自治區。
三是所轄地區不同，1和新疆兵團。到2020年8月，新疆生產建設兵團下轄14個師(市)。兵團10師和新疆維吾爾自治區直屬縣級市實行“師市合壹”管理體制。除了團級以外的團級單位，還有農場、牧場等。，壹般稱為“農牧團場”。行政級別是縣級，團場是有編號的。石河子市、阿拉爾市、圖木舒克市、五家渠市、北屯市、鐵門關市、雙河市、科克達拉市、昆崳山市、呼陽河市實行“師城合壹”管理體制。
2.新疆。截至2020年8月，新疆維吾爾自治區轄烏魯木齊、克拉瑪依、吐魯番、哈密、阿克蘇、喀什、和田、塔城、阿勒泰、昌吉回族自治州、博爾塔拉蒙古自治州、巴音郭楞蒙古自治州、克孜勒蘇柯爾克孜自治州、伊犁哈薩克自治州4個地級市、5個地區、5個自治州。