1.目前普遍缺乏數據標準接口。
電子評標軟件在導入電子投標文件時，要求投標人提供規定格式的電子投標文件。很多地方因為各種利益關系，沒有發布數據的標準接口，電子評標系統只能接收指定計價軟件生成的電子標書，其他計價軟件生成的標書被拒絕。這種人為設置投標壁壘的方式，大大增加了投標人的業務成本和學習成本。在壹些地區，Excel格式的招標文件被轉換為電子招標文件。而Excel文件的轉換需要逐表操作，對報表格式要求嚴格，導致數據轉換工作量大。
2.缺乏清標規則和可行的評標方法。
電子評標軟件的功能包括輔助清標和評標兩部分。清標是為了發現投標人投標中的偏差、計算錯誤和不合理的投標報價，為評委評標提供充分的分析數據。評標是根據評標辦法計算出招標人的得分。因為清標的過程涉及到如何處理清標的結果，比如判斷投標人的價格是否合理，以及判斷的依據，只有在招標文件中制定完整可行的清標規則，並據此對清標結果進行分析判斷，才能達到理想的清標效果。
3.有些投標人並不能真正理解電子評標的作用。
壹些投標人對電子評標系統存在壹些誤解。他們認為其主要功能是找出投標人標書中的偏差、計算錯誤和不合理項。他們認為電子評標系統損害了他們的利益，對電子評標有抵觸情緒。部分投標人不願意參加招標人或管理部門組織的電子評標培訓，不了解電子評標帶來的變化，沒有預留時間學習和操作電子評標的制作流程，導致無法正確制作電子評標文件，導致投標被拒絕。
4.投標人在編制電子投標文件時出現問題，無法得到有效的服務和幫助。
為了保證投標報價的保密性，投標人通常在開標前的晚上確定最終的投標報價。投標人的習慣是先確定投標報價，再打印報表，準備電子標書。在編制電子標書時，由於電子標書經驗不足，存在操作問題或系統本身的問題。這時候往往因為軟件服務人員已經下班，很難得到服務提供者的有效幫助。
5.電子投標的合法性及紙質投標與電子投標的壹致性。
在這壹階段，甲方和中標方均以紙質標書的方式簽訂合同，即紙質標書是具有法律約束力的文件。電子評標系統的清標是對電子投標文件進行評審和分析。如果紙質標書與電子標書不壹致，清標工作等於無。很多地區在處理投標人提供的紙質標書與電子投標報價不壹致時，通常以紙質標書為準，這就大大降低了電子評標的嚴肅性。
6.其他問題
目前，電子評標基本上在建設工程中使用，其他如貨物采購、服務招標、政府采購等評標目前還很少使用。壹方面是客觀原因，比如技術問題沒有完全解決，另壹方面也有人為原因以及各方面利益的平衡和協調。
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