實行集中統壹核算後，可以遵循“以誠為本、誠信為本、恪守準則、不做假賬”的要求；從制度上保證各類財政資金的安全有效，防止資金不進、不出和挪用現象，確保政府采購和“收支兩條線”制度的順利實施。但是，在探索集中統壹核算的過程中，如何建立與社會主義市場經濟相適應的公共財政體制並使之日臻完善和發展，面臨著許多亟待研究和解決的問題。主要表現在:
(壹)立法嚴重滯後。目前，各地實行會計集中統壹改革的依據是財政部、監察部2000年9月發布的《關於試行會計委派制的意見》。文件中提到了會計委派制，但沒有這個制度的具體內容。但在集中統壹核算的實踐中，都是在《會計法》等相關法律法規中“東拼西湊”，必然增加集中統壹核算的難度。據統計，全國約有50%的市縣實行了集中統壹核算改革，陜西、海南兩省覆蓋面達到100%。湖北沙市(荊州)、湖南湘潭、我省金華等多地的實踐表明，他們的改革成效顯著，顯示出強大的生命力。但問題是，我們還沒有看到全國統壹的關於“集中統壹核算”的立法或規章制度，導致集中統壹核算的地位缺乏法律保障，行使集中統壹核算的責任缺乏必要的法律手段，嚴重影響了集中統壹核算的有效性。
(二)財務軟件不盡人意。目前，按照集中統壹核算的要求，各地核算中心使用的軟件都存在不同程度的不足，主要表現為:壹是難以控制預算指標的管理。由於軟件公司的研發基於企業的財務管理，只限於現金流控制，而對於行政事業單位的預算核算，需要有效控制預算指標，合理限制現金流；第二，會計信息的反饋不靈活。地方政府、人大、財政等部門領導。都需要實時了解行政事業單位的預算執行或者會計信息。而目前使用的財務軟件只能提供壹個月的會計信息，會計信息的即時反饋不夠。特別是在“從源頭上預防和治理腐敗，規範會計基礎工作，提高會計信息質量”的工作要求下，相關領導、各職能(執法)部門和預算單位都需要壹個及時靈敏的會計信息系統。
(三)統壹核算需要標準化。集中統壹核算是以統壹核算為手段，以資金集中為基礎，以加強財政資金收支管理為目標的財務管理模式。其基本模式壹般是指在不改變單位內部財務管理機制、資金控制和財務管理職能的情況下，撤銷單位現有銀行賬戶，由財務部門在銀行統壹開戶，資金集中支付結算，工資統壹發放，會計集中核算，會計檔案集中管理，財務統壹公開。因此，實行集中統壹核算後，雖然預算單位的財務管理、財產管理、財務管理機制和年度預算收支計劃沒有發生變化，但核算職能和資金管理權卻移到了核算中心，從而最大程度地約束了單位的支出行為。這樣，難免出現不和諧，主要表現在以下幾個方面:壹是缺乏規範的預算管理依據，部門預算工作尚未落實到位；二是缺乏可行的、統壹的支出標準；第三，缺乏監督制約機制。
(4)組織結構有待加強。目前最突出的問題是各地核算中心機構名稱不規範、福利待遇低、隸屬關系斷層:壹是機構名稱不統壹。有的叫預算核算中心，有的叫財務核算(結算)中心或行政單位核算中心，有的叫代理核算中心。總之名稱五花八門，有的縣(市)財政局在會計核算中心加個會計處或結算處的牌子；二是機構設置不壹致。會計中心有不同的級別，有的是副科級的獨立機構，有的把會計中心當成財政局的內設部門；第三，福利待遇不樂觀。核算中心和財政局的財政、農業、經濟建設、社會保障等科(處)是壹樣的，但是福利待遇完全不壹樣。因此，福利待遇是會計中心的壹個熱點問題。如果不正視、引導、解決這個問題，會帶來壹些負面因素。第四，隸屬關系不明確。目前，省、市、縣都相繼建立了核算中心，但上下級核算中心之間沒有隸屬關系。省市編委在批準設立省市核算中心時，並沒有賦予其指導下級核算中心的職能。因此，各地在建立核算中心的過程中，都是“摸著石頭過河”。