合理避稅是指企業通過符合法律法規的合法手段逃避或享受稅收優惠。壹般來說，新三板企業可以通過以下方式合理避稅:
利用稅收優惠政策避稅:可以利用行業稅收優惠政策、地區稅收優惠政策以及財政支持和補貼來節稅。
在營業稅改征增值稅的改革下，有利於消除重復征稅，有效減輕納稅人的稅收負擔。
利用多企業稅收結構設計可以實現避稅:在海外投資中，企業可以通過良好的稅收結構，在不同國家和地區設立壹系列特殊的載體公司，並以適當資本的形式註入，這樣從海外項目或資產到我們投資者的國際稅負是最低的。在實踐中，我們可以通過設計股權結構和資本結構來避稅。
合夥持股更節稅:出於激勵員工的目的，大部分上市公司會在股份制改革前實施股權激勵。作為股權激勵的壹種組織形式，可以由個人直接進行，也可以通過搭建持股平臺的方式進行。法人持股平臺稅負高，有限合夥持股平臺有稅收優勢，安排靈活方便。因此，應考慮有限合夥作為高管持股平臺的可能性，以充分發揮其稅收優勢。此外，很多地方對合夥企業還有進壹步的稅收優惠。
盡量減少關聯交易:出於反避稅的目的，稅務機關會密切關註關聯交易，特別是新三板上市公司，其關聯交易必須公開披露，要特別關註涉稅風險。因此，企業需要考慮關聯交易的必要性，不應為了享受稅收優惠而捏造關聯交易。同時，他們還應關註關聯交易的定價機制和交易價格的公允性，以降低稅務機關進行特別納稅調整的風險。
合理的員工薪酬制度和福利制度:賬戶中會有壹些費用不能稅前扣除，企業可以盡量避開這些不能稅前扣除的科目。比如交通事故造成的職工醫療費用，可以按照交通事故放在營業外支出項目中，這樣在匯算清繳時必須增加年度所得稅，職工福利費不超過工資總額的14%也是可以的，這樣就合理規避了企業所得稅。