截至2017年3月，廈門大學有6個系，28個學院(含76個系)。
人文藝術系(文學系):
廈門大學人文學院:中國語言文學系、歷史系、哲學系、人類學與民族學系。
廈門大學新聞與傳播學院:新聞系、廣告系。
廈門大學外國語學院:英語語言文學系、歐洲語言文學系、日本語言文學系、法國語言文學系。
廈門大學藝術學院:美術系、音樂系。
廈門大學海外教育學院:中文系
廈門大學國際學院。
社會科學系(社會科學系):
廈門大學經濟學院:經濟系、統計系、金融系、金融系、國際經濟與貿易系？
廈門大學管理學院:會計系、企業管理系、管理科學系、旅遊系、工商管理教育中心(MBA中心)、高級經理教育中心(EMBA項目)。
廈門大學法學院:廈門大學法律碩士教育中心
廈門國家會計學院:專業會計碩士聯合教育中心，物流與項目管理碩士教育中心。
廈門大學公共事務學院:政治學系、公共管理學系、社會學系、公共管理教育中心(MPA中心)。
廈門大學馬克思主義學院
廈門大學國際關系學院
廈門大學教育學院:教育學部、教師教育學部。
廈門大學體育教學部
廈門大學繼續教育學院
自然科學部(科學部):
廈門大學數學科學學院:數學與應用數學系，信息與計算數學系，概率與數理統計系？
廈門大學物理與機電工程學院(理科):物理系、電子科學系、機電工程系、航空系、天文系。
廈門大學化學化工學院(理科):化學系、化學工程與生物工程系、化學生物系。
工程部(工程部):
廈門大學物理與機電工程學院(工科):物理系、電子科學系、天文系？
廈門大學化學化工學院(工科):化學系、化學工程與生物工程系、化學生物系。
廈門大學信息科學與技術學院:計算機科學系、智能科學與技術系、電子工程系、通信工程系。
廈門大學軟件學院
廈門大學材料學院:材料科學與工程系，生物材料系
廈門大學建築與土木工程學院:建築系、土木工程系、城市規劃系。
廈門大學能源學院
廈門大學航空航天學院:飛行器系、動力工程系、機電工程系、儀表電氣系、自動化系:電子科學系、電子工程系？
醫學與生命科學系(醫學系):
廈門大學生命科學學院:生物系，生物化學與生物技術系，生物醫學系，農業生物技術系。
廈門大學公共衛生學院
廈門大學藥學院
廈門大學醫學院:臨床醫學系、中醫科、護理系、眼視光學系。
廈門大學附屬中山醫院
廈門大學第壹附屬醫院
廈門大學附屬東南醫院
廈門大學附屬東方醫院
廈門大學附屬成功醫院
廈門大學附屬廈門眼科中心
廈門大學附屬福州第二醫院
地球科學與技術系(地質系):
廈門大學海洋與地球學院:海洋生物科學與技術系、海洋化學與地球化學系、物理海洋學系、應用海洋物理與工程系、海洋地質系(籌建中)？
廈門大學環境與生態學院:環境科學與工程系，生態科學與工程系