1，組織實施國家中醫藥管理局科技成果推廣項目的篩選、評估和推廣；
2、組織實施國家中醫藥管理局新藥開發專項的招標、管理和投資開發；
3、組織實施中醫藥技術篩選、評價和推廣；
4.負責國家中醫藥管理局重點專科(專病)建設的評估和日常管理，負責國家中西醫結合重點醫院和民族重點醫院建設的日常管理；
5、承擔國家中醫藥管理局民間醫藥、民間特色技術處方的日常管理和研究；
6、承擔國家中醫藥管理局民間醫藥工作領導小組辦公室的日常工作。
第二，技術發展
1，依托國家中醫藥管理局新藥開發專項辦公室，采用風險投資的管理和運作模式，開發中藥新品種及相關新技術、新工藝。
2.依托國家中醫藥管理局中藥特色技術與方劑篩選評價中心、民間特色技術方劑優化應用重點實驗室，建立臨床研究基地和藥物藥理實驗室，開展中藥特色技術與方劑的篩選評價。
3、依托民族醫藥文獻整理和適宜技術篩選與推廣項目辦公室，開展民族醫藥適宜技術、方劑和秘方的開發與研究。
第三，交流與推廣
1.依托國家中醫藥管理局中醫藥科技成果推廣項目辦公室，建立中醫藥科技成果交流平臺，開展科技成果篩選評價、合作推廣交流、特色技術培訓和合作推廣等工作。
2.依托國家中醫藥管理局重點專科(專病)項目建設辦公室，成立中醫臨床重點專科協作組，建立專科專病協作網，開展疑難病臨床治療難點聯合研究並推廣成果。