1，範圍和效率不壹樣。傳統育種技術壹般只能實現生物物種內的基因轉移，而轉基因技術轉移的基因不受生物物種間親緣關系的限制，可以跨物種甚至跨屬、綱、門、界轉移遺傳物質。
2.傳統育種技術壹般是在生物個體水平上進行的，操作對象是整個基因組，大量基因被轉移，無法對某個基因進行精確操作和選擇，後代表現較差。
3.轉基因技術。壹般對壹個或幾個定義明確的基因進行操作轉移，功能明確，後代表現準確。科學證據證明，轉基因技術在引入遺傳物質方面比雜交和其他傳統育種方法更準確。