高新司負責高新技術產業和戰略性新興產業發展，會同有關方面推動數字經濟發展，負責國家數字經濟創新實驗區工作。
具體職責如下:
1.組織制定戰略性新興產業發展戰略、規劃和重大政策，協調解決重大問題，牽頭建立戰略性新興產業協調機制。
2.牽頭制定國家戰略性新興產業發展規劃和重大政策並協調實施。牽頭推動數字經濟發展，負責國家數字經濟創新實驗區工作。
3.擬訂國家重大信息基礎設施建設規劃，負責信息基礎設施建設的協調和管理。
4 .負責電子政務的總體協調和監督。
5.負責推進《中國制造2025》相關工作。
6.研究制定並實施高技術產業、戰略性新興產業和創新能力建設相關規劃和政策，負責國家創新驅動戰略的綜合協調，推進創新體系建設和科技體制改革，牽頭國家技術轉移體系建設，牽頭國家實驗室建設，負責產業技術創新戰略聯盟的指導和協調。
7.推動國防與民用技術融合深度發展，組織軍民科技協同創新，牽頭中央軍民科技產業管理部門日常管理工作，負責國家民用空間基礎設施建設和管理協調工作。
8.會同有關部門制定生物產業發展的規劃、政策和措施並指導實施。
9.指導國家自主創新示範區和國家高新技術產業開發區建設，承擔區域資源型城市轉型等相關工作。
10.承擔國家技術轉移體系工作，提出科技成果轉移轉化和產業化相關政策措施建議，推動產學研深度融合和科技知識產權創造，促進科技服務業和科技中介組織發展，負責國家自主創新示範區和國家高新技術產業開發區綜合協調。
11.承擔政府職能優化調整，加強事中事後監管的相關工作。
12.配合國家發改委反壟斷局做好相關工作。
13.委員會領導交辦的其他事項。