《生化危機》系列首款作品的故事發生在1998，但實際上，整個系列劇情的起源
是從1960年4月開始，壹個歐洲的世襲貴族家庭阿什福德的第五代繼承人愛德華·阿什福德，與他的大學同學奧斯威爾·斯賓塞在非洲旅行的時候發現了壹種當
地人稱為“太陽階梯”的花朵，其花粉裏含有壹種能夠破壞人體DNA的毒素。兩人將這個病毒命名為始祖病毒。愛德華請教了他在大學時候的病毒學教授詹姆斯·
馬庫斯，馬庫斯對始祖病毒的研究方向提供了非常多的意見。
斯賓塞是這三人中最具野心的壹個，心狠手辣，在《生化危機》1代的洋館建成後，誘騙洋館的建築師喬治的壹家三口成為了首例殘忍的人體試驗品，之後又
在始祖病毒的研究過程中先後害死了愛德華和馬庫斯，並創立了套著國際制藥公司馬甲的安布雷拉集團，實質是從事生化武器的研究。斯賓塞的所作所為間接造就了
威斯克、威廉.伯金和“代號：維羅尼卡”阿莉希亞兄妹這樣的BOSS級人馬，在日後影響著整個《生化危機》的劇情走向。
1988年，馬庫斯對T病毒的研究達到了壹個新階段“水蛭病毒”後，卻被斯賓塞所害，最後跟水蛭病毒融合，進入了長達10年的休眠期。同年，威廉.伯金成功研制出強大的生體武器暴君，此後，威廉在1991年發現G病毒，並開始轉向到對G病毒的研究。
1992年開始，安布雷拉開始逐漸掌控浣熊市，並把這裏作為重點研究基地，買通了當地警察把囚犯送到實驗室進行實驗。警察局內的特殊戰術與救援部隊：special tactics and rescue servico即STARS，也被安布雷拉所掌控。
1998年，結束十年休眠期的馬庫斯強化版蘇醒，並展開了復仇計劃，STARS部隊被任命前往調查，自此，《生化危機》的故事正式展開。
他們偶然發現壹輛嚴重損毀的監獄護送車以及被殘忍肢解的海軍看守的屍體。 恩裏克·馬裏尼（enrico
marini），bravo小隊的隊長，命令進行搜尋比利·柯恩（billy coen），壹個逃離護送的前海軍少尉。
bravo小隊的新成員，瑞貝卡·查姆柏斯（rebecca
chambers），發現了壹輛停在森林裏的火車並進去調查。火車很顯然遭遇過某種事故——她發現乘客無壹生還。
壹個被判定死亡的乘客復活過來並且攻擊瑞貝卡。 生死關頭，瑞貝卡被囚犯，比利·柯恩所救。瑞貝卡仍然懷疑比利，但是意識到想要逃生就必須合作。
不久之後，火車突然啟動。 它飛快地加速，就要超出安全極限。 為了阻止火車出軌，兩人使用了剎車。 不過，還是太遲了，火車側翻。
兩人勉強逃出殘骸。 安布雷拉的幹部養成所就在旁邊。 幹部養成所自詹姆斯·馬庫斯（james marcus）博士死亡起就被關閉了。 寄生水蛭以人的形態攻擊任何進入這座荒宅的“入侵者”。 這種存活方式實為恐怖。
兩名安布雷拉主任，阿爾伯特·威斯克（albert wesker）和威廉·柏肯（william
birkin），獲悉了事態的發展。他們前去欲恢復設施，但是計劃因怪物的襲擊而宣告失敗。
在監視比利和瑞貝卡進展的同時，他們開始意識到是有人肆意破壞安布雷拉，於是決定炸毀養成所。
瑞貝卡和比利在噩夢般的環境裏開始相互信任並且彼此依賴。
瑞貝卡還了解到比利並沒有如罪狀中所說的殺害23名無辜百姓。兩人最終見到了復活的馬庫斯。
後者向他們講述了10年前他如何被暗殺的驚人故事。在多年的水蛭研究之後，他剛成功地復制出了t-病毒，奧斯威爾·e·斯賓塞（ozwell e.
spencer）的兩名雇員，阿爾伯特·威斯克和威廉·柏肯，就暗殺了他並竊取了他的研究成果。進化了的水蛭附在了馬庫斯的屍體上，有趣的是，馬庫斯的
dna被水蛭所吸收，最終他的復制品誕生。
這個新生的馬庫斯將t-病毒散播在浣熊市森林，以尋求對安布雷拉乃至整個世界的報復，大規模的生化危機由此爆發。 當設施的爆炸裝置開始倒計時，馬庫斯的復制體變成了水蛭女王。 這最後的壹戰，瑞貝卡和比利深知該如何做個了結……
最終，比例和瑞貝卡成功戰勝水蛭女王，幹部養成所炸毀，比例和瑞貝卡逃出，因此事件，瑞貝卡放過比例，在報告中寫下比利已經死亡，而瑞貝卡接著前往洋館中進行調查。
7月24日，鑒於Bravo小隊失去聯系壹整天，威斯克率領余下的所有隊員，組成Alpha小隊進入市郊森林。
3.《生化危機1》故事開始
alpha小隊進入森林即遭到喪屍犬的攻擊，而威斯克將隊員引導至洋館中。
威斯克在洋館中幹掉了副隊長恩裏克，將克裏斯關進牢中並預備將其與生化武器對抗以采集戰鬥數據，並以貝利的妻女為要挾，使貝利將吉爾騙至Tyrant的實
驗室。而這壹切都是安布雷拉要他做的事，他自己要做的則是脫胎換骨。
Tyrant覺醒，威斯克事先註射下G病毒，並且引導Tyrant攻擊自己。威斯克死亡。
吉爾最終擊倒Tyrant，並救出貝利與克裏斯。洋館化為壹片灰燼。
而威斯克，獲得了他死亡後的重生。G病毒在他體會與宿主***存，並不會造成宿主的外貌改編及智商降低。這使得威斯克成為迄今為止，安布雷拉所有病毒實驗中最成功的案例。
1998年7月25日逃出生天的3人召開記者招待會，會上Chirs嚴厲斥責了安布雷拉的罪行。隨即安布雷拉動用旗下力量開始掩蓋事實真相，三人的言行被媒體認為是無聊的猜忌。隨後吉爾和克裏斯開始轉為地下調查。
1998年9月，斯賓塞決定強行搶奪G病毒，因此派遣特種部隊進入浣熊市。在浣熊市市內研究所的威廉·伯金被特種部隊的隊員殺害。G病毒被奪取。在
彌留之際，威廉向自己註射了G病毒。然而，病毒與他的身體並不融合，威廉沒有像威斯克壹樣完美，開始變異。隨即他殺死多名特種部隊隊員，而G病毒樣本開始
在下水道被老鼠傳播。同日，特種部隊隊員漢克，攜帶G病毒樣本回到安布雷拉總部。斯賓塞獲得G病毒。T病毒、G病毒在市內蔓延。城鎮內到處都有咬人，殺人
案例，警局開始制定作戰方案。而安布雷拉向布萊恩下達了延緩抵抗，采集戰鬥數據的命令，布萊恩因此下令將彈藥分散到警局各處，表面上他說是為了方便彈藥補
給，實則分散了火力，阻擋了抵抗。（這也是為什麽到處都能找到彈藥的原因）此時浣熊市已成為人間地獄。
4.《生化危機3》故事開始
按照時間，《生化危機3》的故事發生在《生化危機2》之前，1998年9月，吉爾
作為留守警局的最後壹批人，開始尋找幸存者並逃出浣熊市。而安布雷拉派遣特種部隊進入浣熊市，開始采集戰鬥數據並毀滅相關證據。特種部隊的壹員即卡洛斯，
生化危機3男主角。同事安布雷拉派出復仇者，下達指令為：消滅所有 STARS隊員。
吉爾在與復仇者的對抗中感染病毒昏迷。而卡洛斯為其尋找解藥。
5.《生化危機2》故事開始
裏昂在警校畢業。在酒吧與朋友雅克·湯臣狂歡慶祝的他，並不知道浣熊市發生的壹切，以及白宮的發言。而克裏斯的妹妹克萊爾在大學團體組織的戶外登山遊中完畢，前往浣熊市尋找自己久未聯系的哥哥。
在洋館事件的兩個月之後，浣熊市已經開始有所異樣。 裏昂·s·肯尼迪（leon s. kennedy）是r.p.d.的新任警官，他前往浣熊市報到。 城鎮上喪屍密集，到達城鎮不久，裏昂在喪屍的攻擊中救下了克萊爾·雷德菲爾德（claire redfield）。
克萊爾是s.t.a.r.s.成員克裏斯·雷德菲爾德的妹妹，她是來找哥哥的。 克萊爾和裏昂壹同逃到他們所能想到的最安全的地方——r.p.d.警察局。 他們設法到達了警察局，卻發現警隊的武裝力量早就被瓦解了。 兩人決定分頭尋找幸存者以及逃生路線。
在探索警察局時，裏昂在停車場遇到了艾達·王（ada wong），兩人結伴而行。 同時，克萊爾救了壹個小女孩。
她告訴克萊爾她名叫雪莉，和父母失散了。 裏昂發現有壹條下水道連接著警察局和安布雷拉的研究所。他還沒有意識到，壹個強大的怪物將會阻礙他的逃生之路。
在研究設所裏，克萊爾偶遇安耐特（annette），壹個安布雷拉的研究員，也是雪莉的母親。她向克萊爾詳細說明了浣熊市爆發災難的起因。下水道裏的那個
名叫“g”的怪物實際上是她的丈夫，威廉，是在他給自己註入壹種實驗用病毒“g”之後變成的。
t-病毒的爆發激起了威廉與安布雷拉之間對g-病毒的爭奪戰。
裏昂來到了研究所的另壹處地方，遭到壹個暴君的攻擊。在戰鬥中，他鋌而走險，挽救艾達於危難之間。
他們繼續壹起行動，微妙的感覺在兩人之間萌生。最終，艾達向裏昂講出了實情，她其實是被派來偷取g-病毒的間諜。
另壹方面，克萊爾與安耐特在壹起時，g突然出現，砍傷了安耐特。安耐特將g-病毒疫苗的制作說明交給克萊爾後死去。
雪莉感染上了病毒，克萊爾火速前往制作疫苗。
克萊爾成功制作疫苗，挽救了雪莉，後又在實驗室發現緊急脫出火車，這時裏昂也成功脫出，再分別戰勝G和暴君後，克萊爾裏昂雪莉成功逃出。
1998年9月30日經過美國國會全體投票決議通過，鑒於浣熊市事態已無法控制，決定投下原子彈，將整個城市全部消滅。貝利接上恢復意識的吉爾及卡洛斯，逃出浣熊市。10時正，原子彈擊中浣熊市。浣熊市消失。死亡人數超過10萬，而幸存者不足100人。
6.《生化危機 槍下遊魂》故事開始
1998年10月9日靠近法國的法屬席那島上的犯人計劃越獄。因為他們得知自己將會被安布雷拉作為活體實驗。席那島的犯人集體越獄。席那島研究所所長賓塞德下令將犯人全部射殺。
裏昂依靠中情局獲得的情報，知道席那島事件，因此委托自己的偵探好友雅克·湯臣進入席那島調查。雅克潛在1998年11月1日入席那島研究所。
斯賓塞宣布解除賓塞德的壹切職務，喪心病狂的賓塞德將T病毒散布到整個小島。，雅克準備離開席那島，但被賓塞德擊落直升飛機，而他喪失記憶。
雅克開始逃出席那島。在途中救出了12歲的少年洛特和其妹妹莉莉。而賓塞德將自己研制的SuperTyanrt喚醒企圖殺死雅克壹行，卻把自己害
死。而在整個小島爆炸前，雅克三人逃出席那島。雅克將在席那島取得的資料交給裏昂，而裏昂加入由浣熊市受害者及質疑安布雷拉的人組成的反安布雷拉組織，隨
後前往歐洲。而吉爾、克萊爾均前往歐洲。
7.《生化危機 代號維羅尼卡》故事開始
1998年12月，威斯克加入新東家HCF。艾達王成為其手下。克萊爾在安布雷拉巴黎總部被逮捕，並被押送至南美洲的洛克福特島監禁。
向洛克福特島進行轟炸，並投下病毒。洛克福特島被感染。克萊爾在混亂中逃出監獄，並結識了囚犯史蒂夫。克萊爾在島中遇見了精神已經幾近失常的阿爾弗雷德。克萊爾和史蒂夫乘坐飛機準備離開洛克福特島，卻被阿爾弗雷德設定了飛機的自動駕駛，飛機飛向南極基地。
12月28日，克裏斯得知妹妹被關押至洛克福特島，於是前往。而威斯克也得知T-veronica病毒的存在，於是在島上，兩人事隔壹年後再壹次相遇。從威斯克的口中克裏斯妹妹已被劫至南極，克裏斯也趕去。
在南極基地，阿爾弗雷德被史蒂夫擊中。生命的最後壹刻，阿爾弗雷德喚醒了自己沈睡了數十年的妹妹阿莉希亞。而史蒂夫被阿莉希亞抓住，註射了與亞歷山大壹樣的病毒，開始變異。面對克萊爾，失去理智的史蒂夫瘋狂追殺，在最後壹刻終於清醒，表達了對克萊爾的愛意後，史蒂夫死亡。
威斯克遇見阿莉希亞，而他要求阿莉希亞交出T-veronica病毒。阿莉希亞在狂笑中開始露出怪物真身，而威斯克在與其交手後感到無法控制阿莉希
亞，遂逃走。隨後，克裏斯與阿莉希亞正面對決，而她開始展露T-veronica的威力。T-Veronica病毒使人具備了飛翔的能力，並能召喚昆蟲，
普通物理攻擊對其均沒有效果，但由於阿莉希亞的冷凍期不足，被阿爾弗雷德提前喚醒仍然具有較大缺陷，因此阿莉希亞最終仍然被克裏斯用線性激光炮幹掉。
阿莉希亞死亡後，威斯克救活了史蒂夫，並在阿莉希亞身上提取了T-veronica病毒。他在南極基地已經得到自己想要的東西，而剩下的就是和克裏斯的恩怨。克裏斯啟動了南極基地自爆裝置，而威斯克劫持了克萊爾。克裏斯對威斯克說，“我們的恩怨，就在今天做壹個了斷吧！”
威斯克放走了克萊爾，克裏斯示意克萊爾去啟動飛機，而克裏斯與威斯克，這兩位從前的同事、戰友，背負著各自的仇恨，在南極冰原上打得妳死我活，卻沒有分出勝負。南極基地即將爆炸，而克裏斯與克萊爾也搭乘飛機逃出，威斯克也載著史蒂夫利用潛艇逃出。
8.《生化危機 英雄不死》故事開始
安布雷拉高層管理人員莫菲斯把病毒私自賣給中東的軍火商人，此事被斯賓塞得知，斯賓塞大發雷霆。2002年8月下旬，安布雷拉宣布解除莫菲斯的所有職務。
2002
年9月，莫菲斯率領自行組織的雇傭兵搶奪了安布雷拉位於巴黎研究所內的T-G合成病毒。隨後，莫菲斯劫持了安布雷拉高層人員度假用的豪華油輪，在油輪上散
布了T病毒，整艘船受到了病毒感染。同日，莫菲斯以發射攜帶T病毒的導彈為要挾，分別向中、美兩國政府勒索50億美元。
次日，美國政府派遣中央情報局特工布魯斯·麥克文（Bruce·McGivern）潛入該油輪，在油輪中與中國國家安全局特工鳳玲（FongLing）壹起將註射了T-G病毒變異後的莫菲斯消滅，並且炸毀了安布雷拉在中國南海附近的研究所。
9.《生化危機 安布雷拉歷代記》故事開始
賽格爾·維德米爾在俄羅斯成功研制出以“T-ALOS”為基礎的生物兵器。而同時間，安布雷拉內部的危機越來越重，資金鏈開始出現斷層，業績大幅下滑。斯賓塞希望該兵器能夠賣個好價錢，以此來讓安布雷拉獲得重生。
2003年1月下旬，威斯克和吉兒、克裏斯都得知了這壹消息。三人前往俄羅斯。安部雷拉位於俄羅斯的高加索病毒工廠被搗毀。安布雷拉大勢已去。
2003
年5月，安部雷拉股票跌至冰點。與此同時，數十年來壹直被安部雷拉所壓制的另壹家制藥公司----三聯制藥開始漸漸擡頭，三聯籠絡了大量從安部雷拉辭職的
研究員。之後安布雷拉宣布破產，美國政府承認安布雷拉的犯罪行為，並把所有責任都推卸給安布雷拉公司。全球的制藥行業開始遭遇雪崩般的經濟打擊，民眾不再
信任制藥業，其業績和使之連日下滑。
暴君開始在黑市出現，有感於暴君的泛濫及制藥業面臨的困境，全球制藥協會決定成立壹個組織來處理這類事件。這個組織被命名為BSAA（生化恐怖防禦
與評估聯盟）。創建者是11名來自社會各個階層的精英，他們都在不同的情況下經歷了生化病毒泄露事件。11名成員當中就有克裏斯與吉兒。這個組織受聯合國
直接管理，因此可以在聯合國締約國內自由行動，總部設在英國。罪魁禍首斯賓塞下落不明。
2003年8月三聯開始在全世界收購安部雷拉原來的制藥基地。10月，吉兒與克裏斯找到斯賓塞。但同時威斯克也搶在兩人前面趕到。斯賓塞向威斯克坦露了他的身世，氣急敗壞的威斯克殺死了斯賓塞。吉兒和克裏斯與斯賓塞展開搏鬥，最後吉兒與威斯克壹起跌落山崖，生死未蔔。
2003年10月起BSAA在全球開始了大規模搜尋吉兒與威斯克下落的活動，但始終沒有任何線索。
10.《生化危機4》故事開始
2004年5月22日美國總統女兒阿什莉·格林漢姆失蹤。白宮得到線報，阿什莉極有可能在歐洲，白宮委派特別情報員裏昂前往歐洲，尋找阿什莉·格林漢姆的下落。
在拯救的途中他發現阿什利的綁架者是壹個神秘的宗教團體，名叫“Los Illuminados”（西班牙語：照亮的道路。勿與Illuminati混淆），教主是奧斯穆德·薩德勒（Osmund Saddler）。
利昂在村莊的房間救出了壹個神秘男子路易斯·賽拉（Luis
Sera），從他口中得知阿什利正在被關在村內的教堂二樓，就是這個時候村長比特羅斯·門德斯（Bitores
Mendes）出現，利昂跟村長交手可謂不堪壹擊，利昂及路易斯都被擊暈了。同時，奧斯穆德出現，並且在利昂身上註射了寄生體“Las
Plagas”。利昂醒過來的時候在山谷的另壹邊，他跟路易斯避開村民的襲擊後，路易斯便獨自逃去。利昂回到村莊的教堂救出了阿什利，並且利用強大武器擊
倒了村長，於是離開神秘村莊，壹心等待美國聯邦派來的直升機，但是大量村民趕到，於是利昂帶著阿什利進了壹座古堡。
利昂跟阿什利遇上了堡主雷蒙·薩拉查（Ramon Salazar），堡主在地下礦場利用村民發掘寄生體Las Plagas並且供給Los
Illuminados。在這期間，路易斯找到了能夠協助利昂及阿什利解開身上的寄生體的藥物及寄生體樣本，原來他曾經是Los
Illuminados的研究員，然而奧斯穆德·薩德勒卻在關鍵時刻出現奪走了樣本，並把路易斯殺害。其後利昂重遇了艾達·王，他在《生化危機2》後已經
得知艾達是威斯卡（Albert
Wesker）派來的間諜，所以他對艾達的再次出現充滿懷疑，但被艾達逃去。利昂始終很關心這個埋藏在心中的女子。阿什利被薩拉查捉了及送到遙遠的有軍事
設施後，利昂擊倒了薩拉查後再次遇上艾達，埃達詢問英俊的利昂需不需要送他壹程，利昂以尷尬的表情回答。
利昂在孤島上重遇據報在兩年前直升機失事死亡的戰友傑克·克勞薩（Jack Krauser）。原本他是Umbrella公司的威斯卡派了來到這裏做臥底。
利昂成功搶救了阿什利並且逃脫。但是，艾達成功奪取了Las Plagas樣品，可能使Umbrella公司勢力再起。
11.《生化危機5》故事開始
2008年4月非洲壹個小國發生政變，總統被殺，政變者解散了政府。聯合國宣布對該事件表示關註，並且宣布有可能進駐維和部隊。當地政變者從黑市購買了生化武器。
2008年4月25日BSAA得到這壹消息，克裏斯從北美趕去處理此事，並與當地負責人席娃聯絡上。果不其然，當地發生了大規模的病毒感染。
克裏斯發現當地生化病毒感染事件的元兇是威斯克與三聯。而且吉兒也出現在了那裏，並且成為了威斯克的幫兇。原來吉兒當初摔下懸崖重傷不治，威斯克利用宿主病毒控制了吉兒的心智。而威斯克決定要把銜尾蛇病毒擴散到全世界。
2008年4月27日克裏斯救出了吉兒，與席娃壹道離開了非洲。克裏斯完成了他在十年前南極基地裏的話，而威斯克與他的野心，也隨著噴發不息的火山熔漿當中漸漸消失而逝。
RE1;萊肯市郊外有許多人類被殘忍殺害，派去調查的STAR小組B組全部消失。A組前去調查，遇到喪屍犬，威斯克、巴瑞、
吉爾、克裏斯逃入洋館。最終調查到安布雷拉的生化武器計劃以及威斯克的叛變。威斯克死亡。洋館爆炸，其余三人和B隊瑞貝卡、以及逃走又返回的布萊德生還。
主
線2:萊肯市底下研究所內，安布雷拉為了新病毒內鬥，T病毒泄漏，全市喪失橫行，瀕死的柏肯給自己註射了G型病毒，變成BOSS。克裏斯的妹妹克萊爾獨自
前往萊肯市尋找哥哥，與新上任的警察裏昂相遇並最終***同離開。克萊爾解救柏肯的女兒雪梨，裏昂結識的華裔女間諜艾達舍身救他，不幸遇難。克萊爾繼續尋找哥
哥，雪梨被政府收養，代價是裏昂為政府效力。
RE3:與2基本同時發生，吉爾準備撤離萊肯市，安布雷拉投放追擊者追殺所有STAR成員，布萊德遇難。吉爾與雇傭兵卡洛斯相互幫助，逃出升天。雇傭兵裏的間諜尼古拉失蹤，追擊者被毀。萊肯市被核爆。
代號維羅尼卡：克萊爾調查安布雷拉被俘，克裏斯前去解救，發現威斯克沒死。克萊爾結識史蒂夫。戰場從孤島轉到南極基地。最終兄妹戰勝帶有維羅妮卡病毒的阿萊克西婭。史蒂夫感染病毒的屍體被威斯克帶走研究。
RE4：
萊肯事件過去多年，裏昂成為政府的出色特工。前去西班牙小鎮調查總統女兒阿什利被綁架的事件。該小鎮都被教主薩德勒用壹種古老的寄生蟲控制了。威斯克對寄
生蟲感興趣，派艾達前去偷取樣本。裏昂與艾達相遇。裏昂戰勝教主，救走阿什利。艾達從裏昂手中奪走樣本，並違背威斯克的命令給他留了生路。
槍下遊魂：裏昂拜托私家偵探好友調查安布雷拉，偵探從飛機上摔下，失憶，壹邊逃出，壹邊回憶。最終找回記憶並成功逃脫。沒玩到底，不知道結局細節。