湖泊生態系統是壹個復雜的集成系統，是盆地和流域及其水體、沈積物和各種有機無機物質之間相互作用、遷移和轉化而形成的湖泊生態系統演化的綜合反映，既有其自然過程，也有人類活動幹擾和幹預的過程。我國目前的湖泊富營養化過程主要是由人類活動的幹擾引起的，是指湖泊由於營養物質的富集，由較低的營養狀態向較高的營養狀態轉變的過程，可能導致水生植物的生長受到抑制；生物多樣性下降；藍藻水華甚至造成了沈水植物的迅速消失和以浮遊植物為主的濁水狀態的突然出現。也就是說，湖泊富營養化是指湖泊生態系統由於營養物質的富集而退化，進而水質惡化的過程。營養物質的富集，包括人類活動和幹擾等外源輸入的物理、化學和生物過程，濕地沈降和內源富集釋放，是湖泊富營養化的根本要素。其不同的發展階段可以用湖泊營養狀態分類指數來描述。湖泊生態系統的退化是湖泊富營養化發展過程中的中間環節，是壹個復雜的生命演化過程，在不同階段具有正反饋效應和負反饋效應。水質惡化是湖泊富營養化的結果，可以用地表水水質評價標準定量描述為壹個動態的連續過程，而不是壹個靜態的狀態，可以用這個動態連續過程不同階段的定量狀態指標來表示；同時，湖泊營養物、生態系統和水質是富營養化過程中不可分割的部分，是壹個動態的整體。
富營養化控制與湖泊生態修復
治理富營養化湖泊，恢復湖泊生態系統的做法，主要表現為對汙染湖泊進行高強度的汙染治理，投入大量的物力、財力和人力，將汙水攔截在湖盆內，統壹處理，達標後排入湖中。目前，過去在富營養化湖泊的治理過程中存在壹些誤區。首先，對湖泊富營養化治理的復雜性和長期性缺乏足夠的認識。行動上有急功近利的傾向，治頭痛醫頭，治腳痛醫腳，總想在短時間內清湖。具體來說，就是只考慮湖泊局部環境而忽略全流域汙水處理，或者只強調湖泊外排而忽略湖泊內部循環的研究，或者只重視點源汙染的治理而忽略面源汙染的作用。因此，大量的人力、物力和財力投入到湖泊富營養化的治理中。最終，湖泊富營養化變得越來越嚴重。必須對湖泊富營養化控制過程有清醒的認識，借鑒國際先進經驗，系統全面地考慮和規劃湖泊富營養化控制過程，在流域全面截汙和高強度治汙的基礎上，人工介入湖泊生態系統修復，因勢利導，科學恢復健康的湖泊生態系統。為了加速受損水生態系統的修復，除了依靠水生態系統自身的自適應、自組織、自調節能力恢復水生態系統的原有規律外，還應大量使用人工措施服務於水生態系統的健康運行，加快受損生態系統的修復。