自然保護區內有浮遊植物27種，水生維管束植物84種，其中國家二級保護野生植物有野生大豆、荷花、野生荸薺、水蕨等。浮遊動物13種，底棲生物23種，魚類62種，兩棲動物8種，爬行動物13種，鳥類174種，哺乳動物52種。其中國家重點保護動物7種，分別是白鶴、白頭鶴、東方鸛、黑鸛、大鴇、白肩鷹、黑麂；國家二級重點保護動物有28種，分別是胭脂魚、虎紋蛙、黃嘴白鷺、琵鷺、卷鵜鶘、黑頭白鳥、白鵝、小天鵝、鴛鴦、灰鶴、白枕鶴、小鳥肩、貓頭鷹等。保護區共記錄浮遊動物13種，底棲生物23種，魚類62種，兩棲爬行動物21種，哺乳動物52種。其中包括國家壹級重點保護動物黑麂，以及烏魚、虎紋蛙、瞪羚、穿山甲、水獺、果子貍等。
鳥類是金聖湖中最大的動物群體。自然保護區記錄的鳥類有230種，占安徽鳥類種數的46.8%。包括白頭鶴、白枕鶴、白鸛、黑鸛、白肩鷹、大鴇等7種國家壹級保護動物；國家二級保護的有18種，分別是白枕鶴、灰鶴、白琵鷺、黃嘴白鷺、小天鵝、白額鵝、鴛鴦、貝加爾湖水鴨、白冠雉雞、黑雕、白頭貓頭鷹、蚱蜢、小鴉鵑、風箏、白尾雉。
金聖湖自然保護區的主要保護對象是濕地生態環境和越冬水禽。
近年來，隨著經濟的快速發展，長江中下遊的許多湖泊因經濟發展造成的汙染或圍墾已不再適合水禽棲息，但金聖湖卻幸運地被保存了下來，成為壹處難得的、保存完好的重要濕地。金聖湖水質良好，有機質豐富，浮遊生物種類結構合理，軟體動物種類多、含量高，水生維管束植物分布廣、生物量大，生態系統具有良好的完整性和典型性。每年6月5日至10月，金聖湖隨著長江水位的下降，露出大面積的淺水、灘塗和沼澤，成為水鳥的良好棲息地，吸引了大量的鵝、鴨、鶴、鸛、鷸、鷗等水鳥前來越冬和休息。保護區每年越冬水鳥84種，越冬水鳥數量超過654.38+萬只。其中冬候鳥61種，夏候鳥13種，留鳥4種，旅鳥6種。屬於《中日候鳥保護協定》的水鳥有54種，占協定鳥種的45%；屬於《中澳候鳥保護協定》的水禽有24種，占協定鳥類的34.2%。在越冬候鳥中，數量最多的有25種，占該地區越冬候鳥的40.9%；安德拉種23種，占37.7%；鱷魚13種，占21.3%；海鷗型有6種，占9.8%。從區系組成看，古北界有53種，東洋界有11種，廣布種有20種。其中，國家壹級保護的有6種，包括白鸛、白鸛、白鸛、白鸛、黑鸛(Ciconia nigra)和大鴇(Otis atra)。國家二級保護動物有白鷺、白鷺、白鷺、白鵝、紅鶴、貝加爾湖水鴨、灰鶴等7種。
在金聖湖越冬的Grus monica，每年65438+10月的6月下旬移棲至金聖湖，次年3月下旬飛走。駐留期約145天，越冬數400-500只。主要越冬地在金聖湖尚湖地區，如達州、爛米、蓮河、羊額等地，越冬期喜在軟泥、草灘上覓食，以苦豆子、毛茛的地下莖為食，有時也以蚌類、軟體動物為食，原始自然，不同於日韓等國在稻田越冬、以大米為主要食物的白頭鶴。
在金聖湖越冬的東方白鸛，每年165438+的10月下旬移棲至金聖湖，次年3月飛，停留期約130天，約250只，占世界總數的1/8。東方鸛，典型的肉食性水禽，主要以小魚小蝦等水生動物為食。越冬期主要分布在金聖湖的尚湖、聯合、胡夏等洲，面積3000畝。
金聖湖中有5000-8000只越冬的小天鵝，它們以水生植物的地下根為食。主要分布在水位較深的地區，如聯合、小西湖、赤安、小爐嘴等。
金聖湖光肩星天牛的越冬期約為140天。壹般越冬數量在300只左右，最多的達到1000只。琵鷺喜歡群體活動，個體間的越冬行為有很強的壹致性。覓食地水深5-20cm，休息地水深小於70cm或近水陸地。在金聖湖越冬的白琵鷺主要分布在大陸淺水區、聯合、小西湖和胡夏，以小魚為主食。
在金聖湖越冬的鵝有五種，分別是天鵝湖鵝、法布裏斯鵝、白天鵝、赤鵝和鵝，其中數量最多。越冬鵝總數達到4萬多只。越冬期，鵝主要分布在上、下湖泊的淺水區、草灘和軟泥區，以植物的地下根和地上莖葉為食。金聖湖是珍稀水鳥大鴇和黑鸛的良好棲息地，也是鷸類的主要越冬地之壹。
2004年6月5日至2月，中國國家林業局和世界自然基金會在長江中下遊進行的水禽調查表明，金聖湖有6種水禽的數量達到國際重要標準，其中包括瀕危物種鶴和鴻雁。在金聖湖越冬的國際重要物種有白頭鶴、東方鸛、鴻雁、豆雁、黑鸛、白琵鷺和小天鵝。越冬雁占全球種群的20%以上，越冬鶴占遷徙路線上種群的20%以上，黑鸛占遷徙路線上種群的10%以上，白琵鷺占遷徙路線上種群的5%以上。金聖湖濕地是長江中下遊(五省壹市)三個具有特殊價值的地區之壹。建議將金聖湖自然保護區提名為國際重要濕地。在金聖湖越冬的Grus monica，每年65438+10月的6月下旬移棲至金聖湖，次年3月下旬飛出，停留約145天，越冬400-600只。
在金聖湖越冬的東方白鸛，每年10月下旬165438+移至金聖湖，次年3月飛出，停留期約130天，數量約300-500只，占世界總量的15%。
在金聖湖越冬的天鵝數量超過10000只。
金聖湖光葉懸鈴木的越冬期約為140天，壹般年份越冬數量約為3000只，最多可達5000只。
在金聖湖越冬的鵝有五種，分別是天鵝湖鵝、法布裏斯鵝、白天鵝、赤鵝和鵝，其中數量最多。越冬鵝總數達到4萬多只。
金聖湖是珍稀水鳥大鴇和黑鸛的良好棲息地，也是鷸類的主要越冬地之壹。有白枕鶴、灰鶴、琵鷺、小天鵝、白鵝、白尾鷂、紅隼、黑鳶、蚱蜢等。每年都有白頭鶴和東方白鸛來此越冬，分別占全國野生總數的三分之壹和八分之壹，越冬鶴和白鸛有6種，占全國壹半以上。因此，金聖湖於1986被列為國家重點水禽自然保護區，並於1988被列入《亞洲重要濕地名錄》，引起了亞洲濕地局、世界濕地水禽調查等國際保護管理機構的關註。2月初，世界起重機基金會副主席Jim Harris先生參觀了金聖湖。當他連續兩天在同壹個地方看到並數出358只鶴、65438只白鸛、176只白琵鷺時，幾乎是欣喜地跳了起來，豎起大拇指說。好吧！" .