歸納起來，我國股指期貨存在以下四大制度性缺陷：
1、嚴重做空。股指期貨的推出，本指望它改變過去的單邊市場，即減少和避免單邊上漲。但是，由於做空機制沒有壹定的限制，結果使得這種做空機制在某些情況（如利空）下會嚴重打壓股票現貨市場，尤其是做空滬深300標的物，可以產生羊群效應，使廣大股民隨著股指大幅下挫斬倉割肉，這樣讓境內外機構乘機抄底，漁翁得利。
2、嚴重違規。股指期貨交易與股票市場的交易密切相關，這使得股指期貨交易中的違規行為常常涉及到股票市場，其影響面較廣，手法也更為復雜。如果這種現象不及時制止，那麽會出現嚴重的不公平交易。因此，為了維護現貨市場和股指期貨市場的公平交易，國外股指期貨市場采取了多項措施，對兩個市場之間的市場操縱行為進行防範。這些措施包括：壹是加強市場監察及早發現可能扭曲市場價格的各種交易行為和交易狀況，並針對這些交易行為或交易狀況采取各種措施，確保市場各種功能的實現。二是加強股票市場和股指期貨市場跨市場之間的信息***享和協調管理，另外還有規範結算制度等。我國的股指期貨卻未能做好這兩點，出現違規行為在所難免。
3、嚴重不公。主要指目前的交易制度。目前我國上海證券交易所和深圳證券交易所對股票和基金交易壹律實行“T+1”的交易方式。即，當日買進的，要到下壹個交易日才能賣出。而我國的股指期貨則實行“T+0”交易制度。其結果是，機構和股指期貨投資者就會利用這壹制度漏洞，針對股票市場的標的物嚴重做空，而在股票市場的投資者眼睜睜地看著別人瘋狂打壓，無法出貨而出現嚴重虧損。我國股指期貨推出不到20天，大家已經領教了這種不公平。
4、嚴重投機。股指期貨交易包括投機和套期保值，其中後者是主要的交易方式。但是，由於存在前面三個問題，那麽目前我國股指期貨的投機行為非常嚴重，有些股指期貨投資者利用杠桿作用，壹天內可以用少量的投入賺幾十萬元。目前還沒有發現誰在做套期保值。為什麽？因為國內外的投資者利用各種利空消息大肆做空，獲得了大量好處，至少在中國還沒有出現失誤過，誰還願意去做套期保值呢？
總之，股指期貨缺點存在四大制度性缺陷，不僅使股民深受其害，而且使得中國的公司治理結構尤其是激勵機制失效，因為，那些業績好的大盤股不僅沒有升值，從長期看反而縮水，誰還願意關心企業的長期發展和價值呢？