從歷史上來說，
上海海事大學的前身是上海海事學院。老校區在浦東民生路，上海海洋大學前身是上海水產大學，老校區在楊浦區龔俊路。
從學科和專業的角度
上海海事大學和上海海洋大學的專業分布總體上是互補的，兩校的核心專業不重疊。比如上海海事大學沒有水產食品等專業，上海海洋大學沒有航運專業。海事大學的核心學科是航運、物流、工程，是理工科大學。海洋大學的核心學科是水產、生物、食品，屬於農林類大學。
從學校環境來說。
兩個學校現在都是新校區，主體都在港口附近，硬件條件差不多。海事大學和海洋大學只隔了壹條街。兩個學校面積都很大，海洋2000畝，海洋1600畝。這兩所學校在建築方面的風格不同。海洋是壹座現代風格的建築，而海洋是壹座中國風格的建築。青磚綠瓦，花園布局，更吸引人，有壹種小家碧玉的感覺。
海事大學在上海中心區附近也有校區，部分研究生專業會在這裏學習，而海洋大學的本科和研究生專業都在臨港。
從宿舍。
上海海事布局采用男生包圍女生的策略。女生宿舍在校園中心，外圍是男生宿舍，中間有個海心廣場，吃東西方便很多。上海海洋大學的宿舍是分布式的，有點類似住宅區。可能男生宿舍旁邊有女生宿舍吧。生活設施方面，海洋大學目前商業設施不多，只有壹家便利店。