根據財稅[2005]35號文件的規定，職工接受實施股票期權計劃的企業授予的股票期權時，除另有規定外，壹般不視為應納稅所得額，也就是說，在接受股票期權時不具有納稅義務，也不納稅。但如果員工在行權日之前轉讓其股票期權，此時會產生收入，其股票期權轉讓的凈收入為應稅收入，按照壹個人的工資收入計稅，納稅時間為其股票期權轉讓當月。如果員工選擇在到期日行權，行權時股票的市場價格必須高於初始行權價格，即以行權價格買入公司股票。此時因為市價高於行權價，所以有收入，這部分收入按照工資薪金項目征稅，征稅時間為股票期權行權日的當月。行權後員工轉讓行權獲得的股份，即在二級市場轉讓股份，此時有收入，但這部分國內收入暫免征收所得稅。行權後繼續持有股息的，應就持有期間取得的股息繳納個人所得稅，納稅時間為公司派發股息的當月。
對於非上市公司來說，由於非上市公司的股票沒有市場價格，所以在行使股票期權時，很難確定其股票的市場價格。因此，國家稅務總局對阿裏巴巴員工股票期權個人所得稅問題進行了專門批復，即國稅函[2007]1030號。根據該規定，公司向員工授予股票期權時有實際或約定交易價格的，按照當時約定的交易價格確定行權時股票的市場價格，約定交易價格與行權價格的差額為應納稅所得額；市場上存在與未上市公司可比的相同或類似股票的實際交易價格的，可以參照股票價格確定行權時該股票的市場價格，計算應納稅所得額；不存在上述兩種情況的，可暫按其境外未上市母公司上壹年度經中介機構審計的會計報告中每股凈資產的價格確定股票行權時的市場價格，並據此計算應納稅所得額。