故事簡介
背景
科學世界存在著超能力，宗教的世界存在著魔術。由現實和非現實——看似無法相容的世界觀混合而成的作品。壹邊是擁有超先進科技，布滿著機械的學園都市，另壹邊則是布滿著聖經和煉金術的魔法世界。水火不容的兩個世界交織為本作主題。
故事
故事講述的是從東京都西部被分割出來的這座都市中，“超能力開發”被列為學校課程的壹部分。在二百三十萬人口中，有八成都是學生，所以被稱為學園都市。他們每天都在超能力開發上進行相互競爭。根據能力不同，可以分為6級，從無能力（Lv0）到超能力（Lv5）。故事的主人公上條當麻是學園裏的壹個無能力者，但並非完全沒有能力，而是他的能力是能夠將壹切異能效果無效化。他只有右手能夠使用這種能力，還給自己的這種連上帝的奇跡都能抹殺的能力取名為“幻想殺手”。而正因為他的右手似乎把神的祝福都給抹殺掉的緣故，導致自己壹直過著不幸的生活。某壹個暑假的日子，在家裏的陽臺上，他遇見了壹位修女，這位少女自稱自己的名字叫禁書目錄（Index），並是從魔術的世界逃了出來，現在正在被魔術師追趕中。就這樣，上條當麻壹腳踏進了奇妙而美麗的世界，開始了戰鬥……掌握了十萬三千本究極魔法書（魔導書）的少女與擁有抹殺壹切奇跡的上帝之手的少年，將面臨壹系列故事……