首先，以股權轉讓收入減除股權原值和合理費用後的余額為應納稅所得額，按‘財產轉讓所得’繳納個人所得稅”，這是我國關於公司股權轉讓的基礎性規定，而新三板掛牌公司由於涉及到公眾公司及股份限售等特殊情況存在壹些特殊的規定。
壹、限售股解禁後出售的情況
根據《關於個人轉讓上市公司限售股所得征收個人所得稅有關問題的通知》[財稅(2009)167號]的規定，自2010年1月1日起，對個人轉讓限售股取得的所得，按照“財產轉讓所得”，適用20%的比例稅率征收個人所得稅。限售股，包括：2006年股權分置改革新老劃斷後，首次公開發行股票並上市的公司形成的限售股，以及上市首日至解禁日期間由上述股份孳生的送、轉股。根據《國務院關於全國中小企業股份轉讓系統有關問題的決定》（國發〔2013〕49號），“市場建設中涉及稅收政策的，原則上比照上市公司投資者的稅收政策處理”。因此掛牌公司的自然人投資者在轉讓掛牌公司的股份時需按照財產轉讓所得的20%繳稅（以股權轉讓收入減除股權原值和合理費用後的余額為應納稅所得額，按“財產轉讓所得”繳納個人所得稅）。
二、非限售股出售情況
根據《關於個人轉讓股票所得繼續暫免征收個人所得稅的通知》（財稅字[1998]61號）規定，為了配合企業改制，促進股票市場的穩健發展，經報國務院批準，從1997年1月1日起，對個人轉讓上市公司股票取得的所得繼續暫免征收個人所得稅。掛牌公司的股票轉讓所得如何繳稅呢，根據《國務院關於全國中小企業股份轉讓系統有關問題的決定》（國發〔2013〕49號），“市場建設中涉及稅收政策的，原則上比照上市公司投資者的稅收政策處理”。因此，如果新三板掛牌公司的自然人股東出售的是非限售的股份，免征個人所得稅。該部分股份包括自始未被限售或者限售解禁後已經轉讓過的股份。
三、何地繳納個人所得稅問題
根據《股權轉讓所得個人所得稅管理辦法》第十九條的規定“個人股權轉讓所得個人所得稅以被投資企業所在地地稅機關為主管稅務機關。”也就是說，股權轉讓所得納稅人需要在被投資企業所在地辦理納稅申報。