第壹，標的指數的系統性風險。
根據投資組合理論，投資壹支股票的風險包括市場風險和單個企業風險。雖然投資更多不同的股票可以通過它們之間的低相關性來降低整體投資組合的風險和個股因素對投資組合的影響，但整體經濟因素帶來的市場風險並不能通過分散投資來消除。
ETF是壹種投資指數工具。所謂系統性風險，就是市場漲跌的風險。壹旦下跌，投資者將面臨損失，這是不可避免的。但是，投資者要有壹個想法:只有適當承擔市場下跌的風險，才有機會獲得指數上漲的收益。
第二:無法超越指數表現。
目前，在金融市場上，指數化投資方法已被普遍證明是成熟和成功的。整體來看，這種準備跟著指數走的投資方式最大的缺點是，在牛市期間，ETF投資只能貼近市場，很難跑贏市場。在熊市期間，ETF也會隨著指數下跌，這和共同基金沒什麽區別。另外，由於ETF的交易和股票壹樣需要手續費，如果買賣過於頻繁，原本相對較低的手續費就會變成相對較高的手續費。
第三:跟蹤誤差風險。
ETF發行人的主要功能是在指數管理層面最小化跟蹤誤差，並負責產品規劃設計和廉價的管理費用吸引公眾投資。最重要的任務是控制基金和指數的跟蹤誤差。正是因為基金經理以最小化跟蹤誤差為目標，才能保證短、中、長期投資者利用ETF獲得與指數幾乎相同的投資回報，或者對沖投資者利用做空ETF規避市場風險的影響。此外，最小化跟蹤誤差的目標也保證了市場套利者在套利活動中不會被跟蹤誤差的突然增大或減小所侵蝕。
第四:不能隨意改變投資組合。
為了跟上指數的走勢，ETF的投資組合只有在指數本身發生變化時才會進行調整。與其他主動型基金不同，ETF不能因為某些行業表現不佳而改變投資組合，也不能因為特別看好某些行業而加碼。
第五:無法享受直接股東權。
由於ETF屬於基金的投資形式，是通過ETF發行人進行投資的受益憑證，即使其交易方式與股票完全壹致，也不能將ETF投資者視為股票投資者。壹般持有股份的股東權利會由ETF的發行人來行使。例如，配股將直接反映在ETF的凈值中。至於參加股東大會，壹般由基金發行人實施。