1、不同的交易場所。上證的全稱是上海證券交易市場，位於上海。深證全稱深圳證券交易市場，地址在深圳。
2、不同的股票代碼，上海證券交易所包括上證主板、科創板和B股：上海主板股票代碼以60開頭，科創板股票代碼以688開頭， B 股股票代碼以 900 開頭。深證股票包含主板、中小板、創業板和B股，主板股票代碼以000開頭，中板股票代碼以002開頭，創業板股票代碼以300開頭，B股股票代碼以200開頭。
3、不同的證券交易所簡稱，上海證券交易所的代碼是SH，所以有些交易軟件會在股票名稱前加SH，代表上海證券交易市場的股票；深圳證券交易市場的代碼是SZ，所以如果有些軟件的股票代碼在SZ前面，也就是說是深圳證券交易市場的股票。
4、不同的新股申購的基本單位。上海證券交易市場每1000股為1個基礎單位，深圳證券交易市場每500股為1個基礎單位。
5、不同的托管。上海證券交易市場使用的是委托交易，需要在選擇壹家證券公司的時候開戶；深圳采用自動托管，隨處購買。
6、股本不同：上海證券交易市場以藍籌股為主，主要滿足國企上市的目的；深圳證券交易市場主要是中小盤股為主。
7.不同的收盤價格計算方式。在股票交易的最後三分鐘，兩個證券交易所計算收盤價的方式也是不同的，在上證最後三分鐘采用平均交易價格計算出收盤價，而深證會選擇集合競價的規則產生收盤價。
：上證指數是指上海證券交易市場股票的指數。深證指數是指深圳證券交易市場的股票指數。實際上，上證的歷史要比深證的歷史悠久很多。而且上證更能代表中國股市的壹個整體的狀況。上證的指數代表的是中國股市主要板塊中數量的各個指標，而深證主要是創業板和中小板。