正是因為各種現實風險，套利交易在壹些市場並沒有完全開展起來。阻礙套利充分實施的因素統稱為“套利的限制因素”。通常，兩個或三個交易不能同時嚴格平倉，因此存在壹些套利組合被平倉和壹些暴露於價格波動的可能性，並且無法確保它們以有利可圖的價格平倉。
不同市場的交易時間不同，也給套利者帶來風險。例如，套利者發現紐交所和LSE之間存在有利可圖的價差，但由於紐交所和LSE的交易時間不壹致，他無法同時在兩個交易所完成組合操作。套利涉及未來的資金交割，因此存在交易對手違約、無法支付資金的風險。如果只有壹個交易對手或許多關聯交易涉及壹個交易對手，風險會進壹步增加，特別是在金融危機中，當許多交易對手違約時，風險會通過杠桿放大。
例如，壹個套利交易者購買了大量高風險債券，並通過信用違約互換來對沖風險。仲裁員希望從債券收益率和信用違約互換之間的利差中獲利。然而，當發生嚴重的金融危機時，債券發行人可能違約，無法支付本息，違約互換的發行人也可能違約，兩個市場都可能失去流動性，這將給套利者帶來重大損失。“市場失去理性的時間可能會比妳有足夠的錢的時間長得多”——凱恩斯
正套利者可以看作是把利差賭回“正常值”的人。如果資產組合的相關性違背預期，即正常的價格或價差關系未能恢復，甚至進壹步偏離定值，或者保證金要求提高，套利者就可能面臨流動性不足的風險。在歷史上，許多套利者在利差恢復到恒定值之前就用完了他們的保證金，無法借錢及時補充。即使價差最終回到盈利區間，套利者仍可能以交易虧損告終。事實上，遠期套利者的操作類似於出售壹個保持其資本充裕的看跌期權。
在金融危機期間，各種資產價格之間的關系可能被打破，因為投資者爭先恐後地將資金從風險資產(如股票和期權)轉向安全資產(美國國債或銀行存款)，資金流向發生逆轉，這使得杠桿投資者在面臨最大風險時最難籌集到資金。長期資本管理公司(LTCM)的固定收益債券套利策略在9月1998造成了46億美元的損失。LTCM的策略是做空美國國債和其他國家國債之間的息差。例如，短期內意大利國債期貨的價格通常低於美國國債期貨，因為意大利國債比美國國債風險更大，需要以更高的收益率即更低的價格出售。但長期來看，兩者的價差會縮小。由於政府債券之間的價格差異通常不會發生太大變化，LTCM需要借入大量資金，並提高杠桿率，以從微小的價格差異變化中獲益。
LTCM戰略的失敗始於8月1998日的俄羅斯債務違約。