基礎層和創新層股票的盤中交易方式分為集合競價和做市兩種交易方式。新三板基礎層和創新層股票交易撮合時間：基礎層和創新層股票集合競價交易方式撮合時間如下：1、基礎層撮合時間：每個交易日的9:30、10:30、11:30、14:00、15:00進行集中撮合（1天5次）。2、創新層撮合時間：自9:30起（含）每10分鐘進行集中撮合（1天25次）。
其中，集合競價股票上午9:30進行第壹次撮合，此後基礎層股票每小時撮合壹次，創新層每10分鐘撮合壹次;基礎層、創新層股票做市交易方式無差異。另外要註意的是，無論股票是什麽交易方式，只要單筆數量10萬股或者單筆金額100萬元人民幣，那麽就大宗交易。 基礎層和創新層這般交易方式的原因主要是因為新三板市場以機構投資者為主，同時這壹市場的選股難度、交易流動性也是遠遠小於A股主板的。對此，這壹市場只能通過集合競價和做市，或者是大批量的大宗交易來進行交易。
集合競價原則：其壹成交量最大；其二高於基準價格的買入申報及低於基準價格的賣出申報全部成交；其三在基準價格相同的買賣雙方中有壹方申報全部成交。能滿足以上三原則，則是當日的開盤價。新規定完善了新股上市首日開盤收盤價格形成機制，其目的主要是防範新股上市首日開盤期間價格變動過大，遏制過度炒新，促進壹級市場和二級市場均衡協調健康發展。
做市交易是指做市商與公眾投資者之間的交易，由做市商報出某些特定證券的買賣價格，並在該價位上以其自有資金和證券與投資者進行證券交易。做市交易可以維持市場的流動性，滿足公眾投資者的投資需求。做市商通過這種不斷買賣來維持市場的流動性，滿足公眾投資者的投資需求。做市商通過買賣報價的適當差額來補償所提供服務的成本費用，並實現壹定的利潤。