在軍情局的組織結構方面，根據實際任務的需要，有部、處、組等。軍情局下設七個部門，壹個情報研究中心和壹個秘密運輸中心，以及大陸情報組、特別情報組、特別通信組和電信技術室。
臺灣“軍情局”的主要任務和活動是搜集大陸的政治、軍事和經濟情報，必要時還可以策劃破壞和暗殺，對大陸沿海地區實施攻擊、騷擾和心理戰。此外，“軍情局”的主要任務還包括適時在大陸建立和發展“敵後勢力”，對大陸軍隊實施叛亂和軍事“攻心”。目前“軍情局”不僅繼續推動傳統情報工作，還特別註重發展和加強高科技監控設備。
近年來，隨著大陸的改革開放和兩岸交流的日益增多，臺灣省“軍情局”也不失時機地以出訪、旅遊、探親、投資辦廠等名義，策劃並派員到大陸搜集大陸政治、經濟信息，尋找工作對象，發展間諜網。
對“軍情局”的情報人員進行嚴格的選拔和精心的訓練，以確保他們能夠完成所分配的情報任務。
陳水扁當局和臺灣軍方十分重視軍情局情報人員的選拔和培養。除了通過“專門情報班”對外招生外，絕大多數都是在培訓臺軍各軍兵種現役軍官。
在兵役系統選拔培養特工的過程中，特別註重“德評”和“安檢”兩大項。
臺“軍情局”制定“六大計劃”，千方百計直接搜集大陸情報。
長期以來，臺灣省軍情局制定了所謂的“六項計劃”，直接秘密搜集大陸相關情報。這六個計劃的代號分別是:夏陽、黎明、基金會、黎明、春風和華福，其中壹些計劃已由軍情局主導的情報單位秘密實施多年。
“夏陽計劃”是指中國大陸在政治、軍事、經濟、科技等九大戰略目標中積極發展情報組織的行動計劃。該計劃明確列出了優先發展情報力量的20個城市，包括北京、天津、沈陽、南京、廣州、蕪湖、遂溪和湛江，因為這些城市是政治、經濟和技術中心或軍事要地。
“黎明”計劃主要是針對兩岸發生沖突時，如何為臺灣特種部隊發動反擊提供目標情報服務。該計劃在大陸東南沿海選擇舟山、汕頭、廈門等9個地點作為臺軍突擊的主要目標，收集這些地區的陸地和水文資料，供臺軍登陸作戰使用。
六項計劃秘密進行。
“第壹基地”計劃是指強化大陸沿海的導彈陣地、雷達站、指揮中心、通信樞紐、軍港、機場等六大軍事目標區域，收集“預警軍事情報”
“黎明”計劃著眼於如何迅速將潛伏在大陸的臺灣情報組織變成具有“實際行動”能力的“敵後武裝”，以便在大陸重點地區實施爆炸、暗殺等破壞顛覆活動。
“春風”計劃是指在大陸的反叛亂活動，企圖反制那些在大陸要害部門不堅定的人。解放軍官兵和少數民族是該計劃的重點對象。
“復興中國”是指臺灣省情報機構尋找、訓練、派遣情報人員對大陸進行間諜活動的項目計劃。
情報職業危險，前途黯淡，所以臺灣“軍情局”的情報人員畏之如虎。
臺灣軍方人士認為，“軍情局”從事的是非常危險的職業，情報人員的生命通常難以保障。事實上，這是真的。自1949年國民黨退守臺灣省以來，已有3000多名“軍情局特務”殉職，為臺灣省當局書寫了壹部特工血淚史。僅2002年，就有至少20人“移民”並失去聯系，其中5人被證實在當地被捕。
2004年，中國大陸破獲了壹批臺灣省間諜案，共有21名臺灣人被捕。2006年5月30日，臺灣“軍情局”兩名副局長被捕。這位臺灣情報人員承認，大陸國家安全部門對臺灣省特工的行動幾乎了如指掌，因此臺灣情報人員對自己的職業如虎添翼，害怕被捕甚至喪命。
同時，臺灣省“軍情局”雖然特權很多，但吸引力不大。情報人員不僅感到前途黯淡，而且常常處境艱難，常常為自己的生命擔憂。更嚴重的是，臺灣當局和軍方“過河拆橋”、“殺驢”，不管情報人員死活。比如在1982因從事大陸間諜活動被捕的臺軍情局情報人員李俊敏，在2006年6月多次減刑後即將獲釋。大陸通知李俊敏的家人盡快向臺灣有關部門申請將李俊敏接回家，他的家人立即與軍情局聯系，卻被告知早在1999。