第壹，題材不同。
顧名思義，融資融券既可以用來融資，也可以用來融券。用融資的資金買股票會增強多方的實力，融資融券會增強空方的實力。所以融資融券是壹把雙刃劍，可以做多也可以做空。股票質押融資只能獲得資金，不能做空。
第二，融資的目的不同。
這大概是兩者最大的區別。在融資融券中，獲得的資金通常必須用於購買上市證券，增強了證券市場的流動性，在壹定條件下加速了證券市場的價值發現功能。股票質押融資則不同，獲得的資金不能用於購買上市證券。當然，對於具體的融資主體，國家會對獲得的資金用途有壹定的要求。比如證券公司通過股票質押融資獲得的資金，只能用於彌補流動性不足，不能挪作他用。可見，融資融券與資本市場的聯系更為緊密，股票質押融資可能直接涉及資本市場和實體經濟兩方面。此外，還有壹個與股票質押融資類似的概念，主要是指以非上市公司的股權提供擔保來融資。
第三，抵押品不同
融資融券和股票質押融資都是對綜合方的授信，所以都需要抵押物。在融資融券中，抵押品可以是股票，也可以是現金。股票質押融資則不同，它主要是以獲取現金為目的，所以不可能用現金作為抵押物。其主要抵押品是證券，如上市公司股票、證券投資基金和公司債券。
第四，資本融資的主體不同
融資融券業務在不同國家采用不同的運作模式。例如，在美國的市場化分散授信模式和日本的專業化模式下，證券公司和證券金融公司是放貸的中介機構，但最終貸款人通常是銀行。我國目前采用的運作模式規定，資金融通的直接主體是證券公司，即證券公司以自有資金和證券向客戶借入和賣出證券；同時，建立了證券金融公司向證券公司提供再融資的制度。股票質押融資壹般由銀行、典當行等機構辦理，資金融資的主體明顯不同於融資融券。
動詞 （verb的縮寫）杠桿率不同於風險控制。
壹般來說，融資融券比股票質押融資更可控。由於融資融券獲得的資金或證券有專門的賬戶記錄，監控其市值變化、衡量風險程度、要求追加保證金相對容易。而且融資融券的杠桿率可以根據情況調整。當市場整體風險不大時，杠桿率可以適當放大，反之亦然。股票質押融資的本質是質押貸款。雖然資金的使用可能受到限制，但監督起來顯然要困難得多。當股票市值下跌時，借入債權的風險就會增加。
第六，產品屬性不同
融資融券交易是壹種標準化的產品，在交易規則和合約細節上都有明確具體的安排或規定。比如中國證券登記結算公司和第三方存管銀行有專門賬戶登記相關股票和基金，可以方便查詢，股票和基金的來龍去脈壹目了然；融資融券可以使用的杠桿率有統壹規定；融資資金的貸款成本不得低於同期金融機構貸款利率；融資買入的股票或融券可得的股票在壹定範圍內，等等。股票質押融資不是標準化產品，本質上體現的是壹種民事合同關系，具體融資細節由雙方約定。
七、對機構投資者的影響不同。
就個人投資者而言，如果融資的目的是購買股票，融資融券和股票質押融資都可以達到同樣的效果，但對機構投資者的影響是不同的。比如，對於證券公司來說，融資融券拓寬了業務收入渠道，成為基於創新產品的利潤增長點，而股票質押融資的盈利能力對於券商來說並沒有改變，融資只能用於補充流動資金的不足。