光緒十年(1884)，中法戰爭爆發，鄭自薦，由舉薦。廣東省國防部長將鄭調至廣東，主持湘營事務。和兩廣總督張之洞策劃進攻西貢(今越南胡誌明市)，派鄭潛入越南西貢、柬埔寨金邊等地刺探敵情，並試圖聯絡東南亞各地的人進攻法軍。回到廣州後不久，法國艦隊襲擊了臺灣省。鄭建議與法軍決戰，並提出了七條作戰建議。宣受命援臺後，鄭立即赴港租船，將軍隊和糧食彈藥運往臺灣。
與此同時，鄭還卷入了織造案和太古輪船公司索賠案。前壹個案例是由於中法戰爭期間上海銀根緊張，股票暴跌，使得織造局放出的錢無法收回。景遠山等人受清政府委派，清理該局事務，發現總經理龔守土挪用公款，但龔守土控告鄭管理不善，鄭須賠償兩萬元了結此案。在後壹種情況下，由於鄭離職時推薦的接班人楊貴軒管理不善，挪用公司資金，使太古公司損失10多萬元。太古援引法律認為保險人欠了錢，有償還的義務，在港扣留鄭要求賠償。經過這兩起案子，鄭已經是精疲力竭了。光緒十年(1884)十月十三日，他感慨地給盛宣懷寫信:“這些年來，命運坎坷，出了許多差錯。結果就是老板的朋友在外面負責，爸爸哥哥老婆在家裏憤憤不平。他們進退兩難，沒有追索權。但是，如今的名聲壞了，還不足以取信於人。雖處處求饒，難答其手。”於是他隱退澳門，寄情山水，把全部精力投入到修改和改寫《伊彥》的工作中。直到光緒二十年(1894)，壹套成熟完整的史聖魏延變法體系才最終完成。