上證綜指失真主要有三個原因。
第壹，上證綜指以總市值為比較基準，沒有充分考慮限售股減持或戰略持股等因素。相比之下，滬深300、中證500等指數均以自由流通市值作為比較基準，即考慮到“由於限售和控股或戰略持股，上市公司發行的部分股票在特定時期內幾乎不具有流動性。如果將這些股票納入指數，就不能準確反映指數樣本的真實投資機會。”
特別是滬市有相當壹部分上市公司是國有色彩濃厚的上市公司，比如中石油。這些公司總股本和總市值都很大，但實際上自由流通股本很少，自由流通市值遠小於總市值。但由於國企改革進展緩慢，這些公司的股價持續低迷。基於總市值的上證指數編制方法放大了這些公司股價波動的影響，導致指數表現不佳。
第二，指數納入“高位”。根據上證指數的編制方法，新股在上市第11個交易日納入指數。新股上市後，往往會出現連續漲停，然後股價大幅下跌。上證指數第十壹個交易日納入新股，壹定程度上屬於高位接盤，對指數走勢造成不利影響。
第三，上證綜指作為壹個整體市場指數，未能享受到股指編制中的“幸存者偏差”。標準普爾500、日經225、滬深300等指數都是擇優編制，只有有限的樣本量，即選擇交易量大、市值高、投資者認可度高的上市公司，定期更新成份股，將市場認可度低的股票轉出，換成市場認可度高的股票。
隨著表現不佳的股票定期轉出，標準普爾500、日經225和滬深300的表現將好於整個市場的整體表現。相比之下，我國股市機制並不完善，上市公司很少退市。比如ST股還停留在股票市場，導致上證指數的表現弱於滬深300、中證500等精選指數。
除了以上三個主要原因，上證綜指還包括b股公司，b股受流動性不足影響的低迷走勢也是上證綜指表現不佳的原因之壹。
擴展數據:
計算股票指數有三種方法:壹是相對法，二是綜合法，三是加權法。
比較法
相對法又稱平均法，是先計算出每個樣本的股票指數。加起來，得到總數的算術平均數。其計算公式為:
股票指數= n個樣本股票指數之和/n英國的經濟學人普通股票指數采用這種計算方法。
綜合法
綜合的方法是分別將樣本股的基期和報告期價格相加，然後比較得出股票指數。即:
股票指數=報告期股價之和/基期股價之和。
替換數字:
股價指數=(8+12+14+18)/(5+8+10+15)= 52/38 = 136.8%。
即報告期股價較基期上漲36.8%。
從平均法和綜合法計算股票指數來看，沒有考慮到各種樣本股的流通和交易量不同，對整個股票市場股價的影響不同等因素，所以計算出來的指數不夠準確。為了準確計算股指，需要添加權重，權重可以是成交量，也可以是發行量。
加權方法
加權股票指數根據各期樣本股的相對重要性進行加權，其權重可以是交易股數和股票流通量。根據時間劃分，權重可以是基本期權的數量或報告期權的數量。以基期(或流通盤)交易股數加權的指數稱為拉斯貝爾指數；以報告期內交易(或流通)的股票數量加權的指數稱為牌價指數。
拉斯貝爾指數側重於基期(或流通盤)的交易股數，派旭指數側重於報告期(或流通盤)的交易股數。目前，世界上大多數股票指數都是派士指數。