投資者投資指數基金需要註意兩個問題。首先是資金的跟蹤指數。在選擇指數基金時，需要註意基金跟蹤的指數是否值得選擇，指數的標的範圍不能太小。
壹般來說，大指數更穩定，因為標的範圍廣的指數市場代表性更好，長期表現更平均。
據統計，從2004年6月30日至今，表現最好的指數是深證100指數，漲幅超過450%，其次是中證100指數，漲幅接近430%，其次是滬深300指數，漲幅超過380%。今年漲幅前三的分別是深證100指數、滬深300指數和中標300指數，基本都是成份股廣泛的指數基金。
第二，關註增強型和普通指數型基金。
除了跟蹤的指數，投資者還要判斷是配置普通指數基金還是增強型指數基金。馬永貞說，在不同的市場環境下，選擇應該是不同的。在目前的市場環境下，a股市場並不完全有效。在這樣的市場中，增強型基金的表現可能會更好。但如果從長遠來看，普通指數基金最終可能會跑贏增強型基金。
據了解，在現有的指數基金中，壹種是普通指數基金，以有效跟蹤基準指數為目標，其中ETF的擬合度最高。
另壹種是增強型指數基金，以純指數投資為主，根據股市具體情況進行適當調整，如長盛中信總債、銀華-道瓊斯88、萬家公用事業等。
第三，選擇跟蹤誤差小的基金
評價指數基金及其管理人，不應過分關註短期業績，而應以跟蹤誤差作為重要指標。業績超過跟蹤指數20%的指數基金只能算主動型股票基金，不能算被動型指數基金。只有能夠很好地控制跟蹤誤差範圍，實現超越目標指數的業績的，才算優秀的指數基金。
四、選擇有指數基金開發和管理能力的基金公司。
選擇指數基金開發管理能力強的基金公司。指數基金雖然是被動投資，但基金管理公司還是需要很強的管理能力來選擇指數標的，減少跟蹤誤差，減少交易操作。目前國內已經有十幾家基金管理公司推出了指數基金。
其中，易方達、華夏、嘉實、鵬華等基金公司的指數基金表現較好，說明公司在指數基金的穩定回報方面能力較強。
動詞 （verb的縮寫）費率比較
指數基金是非專業長期投資者的首選，尤其是教育基金、養老金等投資目標。壹般來說，長期來看，只有20%左右的主動投資基金能夠跑贏指數基金，其中只有10%左右的主動投資基金能夠跑贏指數基金1%，而投資收益率高於指數基金3%以上的主動投資基金在全部股票基金中不到0.5%。這是因為指數基金是充分分散投資的結果，具有較高的容錯性和適應性。而且由於被動投資策略，指數基金的周轉率很低，交易成本、管理成本、托管成本遠低於主動投資基金。