配股的運作程序如下：
首先：T日由上市公司確定股權登記基準日，根據股東在股權登記日持有股票，獲得配股的數量。
然後：T+1日起，至未來2-3天的時間，投資者可認購配股並進行繳款。如果配股繳款日過後，投資者沒有繳款，視為股東自動放棄配股的權利。
最後：配股繳款後，未來會進行清算，清算期間，投資者的賬戶可能不會顯示“某某配股”，而是等上市後才能看到，上市後就能賣出，配股不需要繳稅。
配股是上市公司根據公司發展需要，依照有關法律規定和相應的程序，向原股東進壹步發行新股、籌集資金的行為。投資者在執行配股繳款前需清楚地了解上市公司發布的配股說明書。
上市公司向原股東配股的，除了要符合公開發行股票的壹般規定外，還應當符合下列規定：
（1）擬配售股份數量不超過本次配售股份前股本總額的30%；
（2）控股股東應當在股東大會召開前公開承諾認配股份的數量;
（3）采用證券法規定的代銷方式發行。
投資者在配股的股權登記日那天收市清算後仍持有該支股票，則自動享有配股權利，無需辦理登記手續。中登公司（中國登記結算公司）會自動登記應有的所有登記在冊的股東的配股權限。
上市公司原股東享有配股優先權，可自由選擇是否參與配股。若選擇參與，則必須在上市公司發布配股公告中配股繳款期內參加配股，若過期不操作，即為放棄配股權利，不能補繳配股款參與配股。
壹般的配股繳款起止日為5個交易日，具體以上市公司公告為準。
配股繳款之後，根據上市公司公告會有壹個具體的除權日以除權方式來平衡股東的該股份資產總額以保證總股本的穩定。
例：中國銀行（601988）配股流程：T日 2010年11月2日股權登記日正常交易
T+1日至T+5日 2010年11月3日至2010年11月7日
配股繳款起止日期刊登配股 提示性公告（5次）全天停牌
T+6日 2010年11月8日 登記公司網上清算全天停牌
T+7日 2010年11月9日
刊登發行結果公告發行成功的除權基準日
或發行失敗的恢復交易日及發行失敗的退款日 正常交易
配股價格：2.36元/股，在2010年11月3日至2010年11月7日進行配股繳款。若客戶A在11月3日執行配股委托1000股，使用資金2360元。
原賬戶余額為20000元，則當天配股後可用和可取資金均會顯示為17640元（前提是除了配股A未執行其他交易操作或者銀證轉賬），同樣的前提下，直至11月7日賬戶中的今日余額仍舊會顯示為20000元，可用和可取仍為17640元，之間的差額即配股凍結資金，只有在11月8日晚上收市清算後數值才會相等。