其中，位於東江起點的太原泵站，每100毫升水中含有1.2萬至320萬個大腸菌群，最高超標3200倍。即使是直接從密封管道中取出的樣品，大腸桿菌數量也在91，000 ~ 930，000之間，氨氮含量最高達到5.25mg/l，超標近10倍。在少數樣品中，零星發現重金屬超標，包括鉛和汞。在壹個從密封管道中取出的樣品中，發現每升含有0.014微克的汞，超標280倍，但其余樣品沒有再發現。
然而，水務署強烈反駁該報告，重申香港的飲用水可以安全飲用，並質疑環保團體的抽水地點。發言人說:“我們根本不用反駁，我們有數字！根據水務署的測試報告，自去年6月密封水管投入使用後，他們於今年7月至3月在香港邊境的木湖抽水站抽取樣本，發現每公升水的大腸桿菌含量下降365，438±0.7%。氨氮含量大幅下降84.6%，反映香港水質顯著改善。
有學者認為，香港政府與綠色和平組織數字的嚴重差異可能與最近的“旱季”有關。香港大學地理系副教授吳祖南表示，東江水在冬季已大幅幹涸，令汙染物高於全年平均水平。但他認為，即使幾個月後水質特別差，也會影響市民，港府應該每月公布水質報告。綠色和平總幹事廖擔心，即使水質只是季節性惡化，港府為了凈化飲用水，也會使用更多化學物質進行消毒，最終還是會有人飲用。他批評說，自從密封管道開通後，毗鄰東江、汙染嚴重的石馬河水量銳減。每次漲潮落潮，甚至可以回流到東江中遊，汙染東江源頭。去年，廣東省水利廳也承認石馬河汙染極其嚴重，並計劃對汙染進行整改。
2006年，香港政府再次重申，密封管道開通後，輸港東江水的水質在各方面都有明顯改善。香港政府與廣東省政府設立緊急通報機制，以電話及傳真方式，盡快互相通報可能影響東江水水質的重大事故，以便實時采取適當的控制措施及相應行動，確保供水安全。水務署亦已制訂壹系列應變措施，以應付東江水質惡化的情況。主要措施包括:
如果發現木湖抽水站接收的東江水水質惡化，當局會立即加強所有水質監察措施。
如有需要，所有接收的東江水將會在木湖抽水站排放。
與廣東方面保持聯系，減少或暫停輸港東江水，並向廣東方面了解水質惡化的詳細情況，以便制定下壹步的應變行動。
將供應給香港濾水廠的原水改為本地水源。現有協議包括1989供水協議和1998貸款協議。
2006年以來，東江中上遊地區大力發展尾葉案，大量原生態森林被破壞和連根拔起，導致大量物種滅絕，生態破壞嚴重。如果這種情況持續下去，東江的水源很可能會被切斷。