四川大學和廈門大學都是不錯的學校，是各自城市的招牌大學。都是985副部級高校，“珠峰工程”高校。
但如果只看工科，明智的選擇顯然是去川大。四川大學是文理醫綜合大學，廈門大學只是文理大學(化學和會計是廈門大學的優勢學科)。在2011的大學工科排名中，四川大學在全國排名15，廈門大學排名50(廈門大學工科實力可能比不上同省的福州大學)，差距還是很大的。
四川大學是由老川大學、成都科技大學、中國西醫大學三所全國重點大學合並而成。廈大沒有合並。廈門大學相當於川大三院的老川大學，文理俱佳但基本沒有工科。但是川大也合並了成都理工大學，工科能力強，這是廈大不具備的。
成都科技大學是中國科學院直屬的三所全國重點大學(中國科技大學、浙江大學、成都科技大學)之壹，後來與浙江大學壹起劃歸國家教委，成為10年來國家教委直屬的重點工科大學之壹。與四川大學合並前，成都科技大學在國家重點學科、國家重點實驗室、科研經費排名中為1，在全國理工科大學中約為10。合並前，成都科技大學的工程綜合實力和各項重要指標都是西南地區最強的。所以川大的工科在全國往往能排到10以上。(廈大基本是純文科大學)。
但川大的工科優勢學科主要是化工、材料、水利、電力、高分子、輕工、生物醫學工程、計算機、核工程等學科，自動化學科相對壹般(西部地區推薦Xi交大，東部地區推薦交大、東南大學、南工大等))，但也明顯比廈大好(廈大工科遠不如川大)。
另外要看妳具體的專業，因為自動化是本科專業，作為研究生壹級學科或者二級學科沒有相應的“自動化”。所以妳的申請方向也是選擇學校的依據之壹。如果妳考的是電力系統自動化或者機械設計自動化，那麽川大是壹個非常好的選擇，尤其是川大的電力系統自動化，是壹個老牌子，全國排名10左右，大部分工作都在電力系統單位。川大的機械設計班也不錯。但是如果妳把控制工程作為壹個學科(大概是最對應自動化本科專業的)，那麽不推薦川大(當然也不推薦廈大)。西部推薦Xi交大、重點大學、廣東大學，東部推薦交通大學、東南大學、南方理工大學。可以根據自己想報考的方向多了解多比較。
回到樓主的問題，當然選擇川大。其實只要是工科比較(川大和廈大)，毫無疑問川大基本上贏了廈大。